Τότε ὁ κριτὴς διέταξε καὶ ἔφεραν ὅλα τὰ τιμωρητικὰ ἐργαλεῖα ἔμπροσθεν τοῦ Μάρτυρος καὶ τοῦ λέγει· «Παφνούτιε, ἐὰν δὲν μοῦ ὑπακούσῃς, νὰ θυσιάσῃς εἰς τοὺς μεγάλους θεούς, ἔχεις νὰ βασανισθῇς μὲ ὅλα αὐτὰ τὰ βασανιστήρια, τὰ ὁποῖα βλέπεις».
Ὁ δὲ Μάρτυς μειδιῶν εἶπε πρὸς αὐτόν· «Τύραννε Ἀρριανέ, νομίζεις ὅτι φοβούμενος ἐγὼ τὰ βασανιστήριά σου θὰ ἀρνηθῶ τὸν Θεόν μου; Μὴ γένοιτο! Τοῦτο μόνον σοῦ λέγω, ὅτι ἡ ζωὴ τῶν Χριστιανῶν εἶναι ἀνωτέρα τῶν βασανιστηρίων σου, καὶ δὲν τὰ φοβούμεθα τελείως· διότι εἴμεθα δεδοκιμασμένοι καὶ γεγυμνασμένοι εἰς πολλοὺς ἀγῶνας καὶ κακοπαθείας, καὶ ὁ Κύριος ἡμῶν καὶ λυτρωτής, ὅστις μᾶς ἐνδυναμώνει νὰ νικήσωμεν τοὺς ἀποκρύφους πολέμους τοῦ Σατανᾶ, πάλιν θὰ μᾶς ἐνδυναμώσῃ νὰ νικήσωμεν καὶ τὸν ἰδικόν σου οὐτιδανὸν διωγμόν». Ὁ κριτὴς εἶπε· «Μακρολογεῖς, Παφνούτιε, καὶ τὸ κριτήριον δὲν ὑποφέρει νὰ ἀκούῃ τὴν πολυλογίαν σου». Παρευθὺς δὲ διέταξε τοὺς στρατιώτας καὶ ἐκρέμασαν τὸν Μάρτυρα, καὶ ἔξεσαν τὰς σάρκας του τόσον πολύ, ὥστε ἐχύθησαν τὰ ἔντερά του εἰς τὴν γῆν καὶ ὅλον τὸ ἔδαφος ἐκοκκίνισεν ἀπὸ τὰ αἵματα.
Ὑψώσας τότε ὁ Ἅγιος τοὺς ὀφθαλμοὺς καὶ τὸν νοῦν του εἰς τὸν οὐρανόν, εἶπε· «Κύριε Ἰησοῦ Χριστέ, δὲν ἀποφεύγω τὴν εἰς ἐμὲ οἰκονομίαν σου, διότι ἕτοιμος εἶμαι νὰ ἀποθάνω διὰ τὸ ὄνομά σου τὸ ἅγιον· ἀλλὰ παρακαλῶ τὴν ἀγαθότητά σου, μὴ μὲ ἀφήσῃς νὰ ἀποθάνω ἀκόμη, ἕως ὅτου καταισχύνω τὸν Ἀρριανὸν καὶ τοὺς θεούς του, διὰ νὰ κλίνουν γόνυ καὶ νὰ σὲ προσκυνήσουν οἱ ἐπουράνιοι καὶ οἱ ἐπίγειοι καὶ οἱ καταχθόνιοι, καὶ νὰ σὲ δοξάσουν ὅλα τὰ ἔθνη». Ἀφοῦ δὲ ἐτελείωσεν ὁ Ἅγιος τὴν προσευχὴν ταύτην, ἀπεστάλη Ἄγγελος ἐξ οὐρανοῦ, ὅστις τὸν κατεβίβασεν ἀπὸ ἐκεῖ ὅπου τὸν εἶχον κρεμάσει καὶ τὸν ἀπέθεσε κάτω εἰς τὴν γῆν, καὶ λαβὼν μὲ τὰς χεῖρας του τὰ ἐκκεχυμένα ἔντερα, τὰ ἔβαλεν εἰς τὸν τόπον των· ἔπειτα σφραγίσας αὐτὸν τρὶς διὰ τοῦ σημείου τοῦ ζωοποιοῦ Σταυροῦ, τὸν κατέστησε καὶ πάλιν ὅλον ὑγιᾶ καὶ ὁλόκληρον, καὶ ἦτο ὡς νὰ μὴ ἐβασανίσθη παντάπασι.
Οἱ δὲ δύο στρατιῶται, οἱ ὁποῖοι τὸν ἔξεον, βλέποντες τὸν Ἄγγελον, ὁ ὁποῖος ἔκαμεν ὑγιᾶ τὸν Ἅγιον, ἐπίστευσαν εἰς τὸν Χριστὸν καὶ παρουσιασθέντες ἔμπροσθεν τοῦ κριτοῦ, ἔρριψαν τὰς στρατιωτικάς των ζώνας καὶ ἐκραύγασαν· «Γίνωσκε, Ἀρριανέ, ὅτι καὶ ἡμεῖς ἀπὸ τὴν σήμερον εἴμεθα Χριστιανοί».