Ὁ δὲ Ἀρριανὸς ἐξῆλθε τῆς πόλεως καὶ διέταξε νὰ τὸν ἀκολουθῇ ὁ Μάρτυς Παφνούτιος· πλησιάσας δὲ εἰς τὸν ποταμὸν Νεῖλον ἐμβῆκεν εἰς τὸ πλοῖόν του, διέταξε δὲ καὶ ἔδεσαν μίαν μυλόπετραν εἰς τὸν λαιμὸν τοῦ Μάρτυρος καὶ τὸν ἔρριψαν εἰς τὸν ποταμόν· εὑρισκόμενος δὲ ἐντὸς τοῦ πλοίου του εἶδε καὶ ἤκουσε τὸν Ἅγιον Παφνούτιον, μὲ τὴν μυλόπετραν εἰς τὸν λαιμὸν κραυγάζοντα· «Ἀρριανέ, Ἀρριανέ, σὺ μὲν χρειάζεσαι πλοῖον καὶ ἄνεμον διὰ νὰ πλέῃς, ἐγὼ ὅμως οὔτε πλοῖον οὔτε ἄνεμον χρειάζομαι, διότι εἶναι κυβερνήτης μου ὁ Κύριός μου Ἰησοῦς Χριστός· καὶ σὺ μὲν ἀποστέλλεις τοὺς ἀνθρώπους, ἵνα σοὶ ἑτοιμάσωσι κατοικίας, ἀλλ’ ἐγὼ ἑτοιμάζω εἰς τὸν Κύριόν μου ψυχὰς λογικὰς πρὸς κατοίκησιν εἰς τὰ οὐράνιά του δώματα». Τότε ὁ συγκάθεδρος τοῦ Ἀρριανοῦ εἶπεν· «Ἂς μὴ ἀφήσωμεν τὸν ἄνθρωπον τοῦτον νὰ μᾶς ἀκολουθήσῃ, ὅτι ἔχει νὰ ἀφανίσῃ ὅλον τὸν τόπον μὲ τὰς μαγείας του»· ὁμοίως καὶ ὁ Ἀρριανὸς ἀπορῶν δὲν ἤξευρε τί νὰ κάμῃ.
Ὅθεν ἐξῆλθον καὶ οἱ δύο τοῦ πλοίου καὶ διέταξε νὰ γράψωσιν ὑπομνήματα περὶ τοῦ Μάρτυρος, τί ἔκαμε δηλαδὴ καὶ τὶ ὑπέστη· κατόπιν παρέδωκε τὸν Ἅγιον Παφνούτιον μετὰ τῶν ὑπομνημάτων εἰς τέσσαρας στρατιώτας διὰ νὰ τὸν ἀπαγάγωσι πρὸς τὸν Διοκλητιανόν· ὅτε δ’ ἔφθασαν καὶ ἀνέγνωσεν ὁ Διοκλητιανὸς τὰ ἔγγραφα τοῦ Ἀρριανοῦ, ἐθαύμασε καὶ παρευθὺς ἀπεφάσισε νὰ σταυρωθῇ ὁ θεῖος Παφνούτιος, καὶ ἐξαγαγόντες αὐτὸν οἱ στρατιῶται ἔξω τῆς πόλεως, τὸν ἐσταύρωσαν εὶς μίαν ξηρὰν φοινικιάν· σταυρούμενος δὲ ὁ μακάριος ηὐλόγει καὶ ἐδόξαζε τὸν Θεόν· ἡ δὲ ξηρὰ ἐκείνη φοινικιά, ἀναβλαστήσασα εὐθύς, διὰ προσταγῆς Θεοῦ, ἥπλωσε δώδεκα κλάδους γεμάτους ἀπὸ φοίνικας· ὅπερ βλέποντες οἱ σταυρωταί του ἐπίστευσαν εἰς τὸν Ἰησοῦν Χριστόν.
Ἦτο δὲ ὅταν ἐσταυρώθη ὁ Ἅγιος δευτέρα ὥρα τῆς ἡμέρας, καὶ ἔμεινεν ἐπὶ τοῦ σταυροῦ ἕως ὥρας ἐνάτης, καὶ τότε παρέδωκε τὴν ἁγίαν του ψυχὴν εἰς τὸν Χριστόν, καὶ ἔλαβε παρ’ αὐτοῦ τὸν ἀμάραντον στέφανον, οἱ δὲ στρατιῶται καταβιβάσαντες τὸ ἅγιόν του λείψανον τὸ ἐνεταφίασαν ἐντίμως κατὰ τὴν εἰκοστὴν πέμπτην τοῦ Σεπτεμβρίου μηνὸς ἐν ἔτει τγ’ (303) ἀπὸ Χριστοῦ· ἔπειτα παρουσιασθέντες εἰς τὴν Διοκλητιανὸν ὡμολόγησαν ἔμπροσθέν του τὸν Κύριον ἡμῶν Ἰησοῦν Χριστόν, καὶ ἐξηυτέλισαν τὰ εἴδωλα ἐκείνου· διὰ τοῦτο θυμωθεὶς ὁ τύραννος κατ’ αὐτῶν διέταξε καὶ τοὺς ἀπεκεφάλισαν παρευθὺς καὶ οὕτως ἐτελείωσαν καὶ αὐτοὶ τὸ Μαρτύριον καὶ ἀπέλαβον τὸν ἄφθαρτον στέφανον. Ἅπαντες δὲ οἱ διὰ τοῦ Ἁγίου Παφνουτίου μαρτυρήσαντες εἶναι πεντακόσιοι τεσσαράκοντα ἓξ (546), οἵτινες συναγάλλονται μετ’ αὐτοῦ εἰς τὴν Βασιλείαν τοῦ Κυρίου ἡμῶν Ἰησοῦ Χριστοῦ, ᾧ ἡ δόξα καὶ τὸ κράτος εἰς τοὺς αἰῶνας τῶν αἰώνων. Ἀμήν.