Τὴν ὥραν ἐκείνην ἐξῆλθε τοῦ ἀκατίου (πλοίου μικροῦ) καὶ ὁ Ἀρριανὸς ὁ ἐξουσιαστής, μεθ’ ὅλης τῆς συνοδείας του καὶ τῶν στρατιωτῶν του, καὶ ἐκάθισεν ἐπὶ θρόνου παρὰ τὸν Νεῖλον· ὁ δὲ θεῖος Παφνούτιος, ἐλθὼν ἔμπροσθεν τοῦ Ἀρριανοῦ, ἐφώναξε παρρησίᾳ· «Ἐγὼ εἶμαι ὁ ζητούμενος Παφνούτιος, καὶ μὴ βάλῃς εἰς κόπον τοὺς στρατιώτας νὰ ὑπάγουν νὰ μὲ ζητοῦν· διότι σὺ μὲν ἔχεις στρατεύματα, τὰ ὁποῖα συνάγουν τοὺς Χριστιανούς, διὰ νὰ χύσουν τὸ αἷμά των· ἡμεῖς δὲ οἱ Χριστιανοὶ ἔχομεν τοὺς Ἁγίους Ἀγγέλους, οἱ ὁποῖοι μᾶς συνάγουν εἰς τὴν Βασιλείαν τοῦ Θεοῦ· λοιπὸν Χριστιανὸς εἶμαι καὶ ἐγώ, καὶ ὅ,τι θέλεις κάμε εἰς ἐμέ». Ἀτενίσας δὲ αὐτὸν ἀγρίως ὁ ἐξουσιαστὴς εἶπεν· «Σὺ εἶσαι ὁ Παφνούτιος, ὁ ἀποστάτης, ὁ καταφρονῶν τοὺς νόμους τοὺς βασιλικοὺς καὶ ἀτιμάζων τοὺς θεούς;». Ὁ Ἅγιος ἀπεκρίθη· «Ναί, ἐγὼ εἶμαι». Ὁ κριτὴς εἶπε· «Τόσον ἄθεος εἶσαι, καὶ ὑβρίζεις τοὺς μεγάλους θεούς;». Ὁ Ἅγιος ἀπεκρίθη· «Δὲν εἶμαι ἄθεος, ἀλλὰ παιδιόθεν λατρεύω καὶ προσκυνῶ Θεὸν ζῶντα καὶ ἀληθινόν· σὺ δέ, ὁ ὁποῖος λατρεύεις πολλοὺς θεούς, εἶσαι ἀληθῶς ἄθεος». Ταῦτα ἀκούσας ὁ κριτὴς ἐθυμώθη σφόδρα καὶ εἶπε· «Μὰ τοὺς μεγάλους θεούς, μὲ πικρὰς καὶ σκληρὰς τιμωρίας ἔχω νὰ σὲ παιδεύσω»· καὶ παρευθὺς διέταξε νὰ τοῦ βάλουν σίδηρα εἰς τὰς χεῖρας καὶ τοὺς πόδας, καὶ νὰ τὸν φυλάττουν μετὰ τῶν ἄλλων ἁλυσοδέτων, ὅπερ καὶ ἐγένετο, καὶ ἦτο ὁ Ἅγιος ἐν μέσῳ τῶν κλεπτῶν καὶ κακούργων· καὶ ὁ μὲν ἐξουσιαστὴς ἀπεμανρύνετο ἐκεῖθεν, ὁ δὲ μακάριος Παφνούτιος, μὴ δυνάμενος νὰ περιπατήσῃ ἐλευθέρως διὰ τὰς ἁλυσίδας, τὰς ὁποίας εἶχε, μετὰ μεγάλης δυσκολίας ἠκολούθει τὴν συνοδείαν, παραθαρρύνων δὲ ἑαυτὸν ἔλεγε· «Παφνούτιε, συλλογίσου τὸν κλῆρον, ὁ ὁποῖος σοὶ ἔλαχε καὶ ἐνθυμήσου ὅτι καὶ ὁ Κύριός σου ἐν μέσῳ ληστῶν ἐκρέματο».

Ὅταν δὲ εἰσῆλθεν ὁ ἐξουσιαστὴς καὶ ἐκαθέσθη εἰς τὸν θρόνον τοῦ κριτηρίου, ἐζήτησεν εὐθὺς τὸν Παφνούτιον· ὁ δὲ Ἅγιος, συρόμενος βιαίως ἀπὸ τοὺς στρατιώτας τῆς ἀδικίας, ἐδόξαζε τὸν Θεόν, καὶ ὅταν ἀνεβιβάσθη εἰς τὸ κριτήριον ἐλύθησαν αὐτομάτως τὰ σίδηρα καὶ ἔπεσαν ἀπὸ τὰς χεῖρας καὶ τοὺς πόδας του ἔμπροσθεν τοῦ Ἀρριανοῦ, ὁ ὁποῖος εἶπε πάλιν πρὸς αὐτόν· «Παφνούτιε, διατὶ εἶσαι τόσον τρελλός, καὶ δὲν θυσιάζεις εἰς τοὺς μεγάλους θεούς, ἀλλὰ προκρίνεις νὰ ἀποθάνῃς κακὸν θάνατον;». Ὁ δὲ Μάρτυς τοῦ εἶπεν· «Ὁ τοιοῦτος θάνατος δὲν εἶναι δι’ ἡμᾶς τοὺς Χριστιανοὺς θάνατος, ἀλλὰ ζωὴ αἰώνιος· λοιπὸν ἐγὼ εἰς κανένα ἄλλον δὲν προσφέρω θυσίαν, εἰμὴ εἰς τὸν Παντοκράτορα Θεόν, τὸν Βασιλέα τῶν αἰώνων».