Ἡ ἀγαθὴ φήμη του, ἥτις «ὡς τάχος ἀστραπῆς πανταχοῦ διήρχετο καὶ διηχεῖτο, καὶ ἡ μεγάλη ἀγάπη τοῦ εὐσεβοῦς λαοῦ πρὸς αὐτόν, διήγειρεν, ὡς μὴ ὤφελε, τὸν φθόνον τῶν ἐν τοῖς Πατριαρχείοις τῆς Ἀλεξανδρείας κατ’ αὐτοῦ, διότι «καὶ τῶν τελείων δυστυχῶς ἅπτεται ὁ φθόνος», καὶ ἤρχισαν νὰ διαδίδουν ὅτι δῆθεν ἐπιδιώκει νὰ καταλάβῃ τὸν θρόνον τῆς Ἀλεξανδρείας, πρᾶγμα ὅπερ οὐδόλως ἐσκέφθη ἢ διενοήθη ὁ Ἅγιος, ἀλλὰ πορευόμενος «ἐν πάσῃ δικαιοσύνῃ καὶ ἀληθείᾳ τῂν ὁδὸν τοῦ Κυρίου» διηκόνει «ἐν ἀγαθῇ συνειδήσει» ἐν τῇ δοθείσῃ αὐτῷ διακονίᾳ ἀγαπῶν καὶ σεβόμενος καὶ σφόδρα ἐκτιμῶν τὸν εὐεργετήσαντα αὐτὸν Πατριάρχην Σωφρόνιον. Οὗτος ὅμως, παθὼν ὡς ἄνθρωπος, ἐπείσθη εἰς πικρὰς διαβολάς, καὶ ἠνάγκασε τὸν Ἅγιον νὰ ἀποχωρήσῃ τῆς θέσεως τὴν ὁποίαν κατεῖχε, καὶ ἐν συνεχείᾳ νὰ ἀπομακρυνθῇ τῆς Αἰγύπτου καὶ νὰ πορευθῇ ἀλλαχοῦ.
Ἐδέχθη ὁ θεῖος Πατὴρ, τὴν ἀδικίαν ταύτην καὶ πικρὰν δοκιμασίαν ἐν πολλῇ εὐχαριστίᾳ πρὸς τὸν Κύριον, διότι τὸν ἠξίωσε νὰ συκοφαντηθῇ καὶ διωχθῇ ἀδίκως, χωρὶς νὰ δώσῃ τὴν παραμικρὰν αἰτίαν πρὸς τοῦτο, ὡς ἐδιώχθησαν καὶ ἐφθονήθησαν καὶ πλεῖστοι Ἅγιοι τῆς Ἐκκλησίας ἡμῶν, ἐπὶ τῶν ὁποίων τὰ ἴχνη ἀπροσκόπτως ἐβάδιζεν ἐν εὐθυτάτῃ καρδίᾳ καὶ Χριστιανικῇ ἁπλότητι, δεχόμενος γλυκεῖαν παρηγορίαν παρὰ τῶν λόγων τοῦ Σωτῆρος ἡμῶν: «Εἰ ἐμὲ ἐδίωξαν, καὶ ὑμᾶς διώξουσι...» καὶ «μακάριοι οἱ δεδιωγμένοι ἕνεκεν δικαιοσύνης, ὅτι αὐτῶν ἐστιν ἡ Βασιλεία τῶν οὐρανῶν».
Ἡ διακονία τοῦ Ἁγίου, ὡς εἴπομεν, ἐν Αἰγύπτῳ ἦτο λίαν καρποφόρος καὶ πλήρης «ἀγαθῶν πράξεων», ἡ δὲ ἀπομάκρυνσίς του ἐντεῦθεν ὅλως ἄδικος, ἥτις βαθύτατα ἐλύπησεν αὐτόν, διότι ἀπεχωρίζετο, ἄνευ λόγου τινός, προσφιλοῦς ποιμνίου ὑπεραγαπῶντος αὐτόν. Ὁ εὐσεβὴς λαὸς ἔκλαυσε διὰ τὴν ἀπώλειαν τοῦ καλοῦ ποιμένος, καὶ τοῦτο μαρτυρεῖ ἡ ἑξῆς ἐπιστολή: «Αἱ πολλαὶ εὐεργεσίαι Σας πρὸς πάντας τοὺς ἐπιδεομένους, ὁ λαμπρῶς διακοσμηθεὶς Πατριαρχικὸς Ναὸς καὶ τὰ ἀνακαινισθέντα εἰσὶ διαπρύσιοι κήρυκες τῆς Ὑμετέρας ἀρετῆς καὶ ἱκανότητος ... μεγάλως θλιβόμεθα ἐπὶ τῇ ἀναχωρήσει Σας, διότι αἰσθανόμεθα ἐν τῇ καρδίᾳ ἡμῶν τὸ ἐναπολειφθὲν κενόν, ἢ λογιζόμεθα μεγάλην ζημίαν τὴν στέρησιν τοῦ συμπαθεστάτου τῶν Ἀρχιερέων, καὶ τοῦ ἀγαθωτάτου καὶ δραστηριωτάτου τῶν Κληρικῶν». Ἡ δοκιμασία αὕτη, τὴν ὁποίαν ὑπέστη ἐν πολλῇ καρτερικότητι καὶ ἀνεξικακίᾳ ψυχῆς ὁ Ἅγιος Νεκτάριος, ὑπενθυμίζει τὰς θλίψεις καὶ τὰ δεινά, τὰ ὁποῖα ἐδοκίμασαν οἱ μεγάλοι καὶ ἐπιφανεῖς Πατέρες τῆς Ἁγίας Μητρὸς ἡμῶν Ἐκκλησίας.