Πρὸς τοῦτο ὅμως ὑλικὰ μέσα καὶ πόροι δὲν ὑπῆρχον, ἀλλ’ ὁ Θεός, ὅστις, κατὰ τὸν Ψαλμῳδόν, «θέλημα τῶν φοβουμένων αὐτὸν ποιεῖ», ἐφώτισε Χῖον τινὰ εὐσεβῆ, ἐκ τῶν πλουσιωτέρων τῆς νήσου, Ἰωάννην Χωρέμην καλούμενον, ὅστις καὶ ἀπέστειλεν αὐτόν, ἰδίᾳ δαπάνῃ, εἰς Ἀθήνας, πρὸς ἐκπλήρωσιν τῶν ἀγαθῶν αὐτοῦ ἐφέσεων καὶ ἐπιθυμιῶν. Ἐχάρη ἐπὶ τῷ γεγονότι τούτῳ τῷ τελεσθέντι πράγματι «τῇ ἄνωθεν προμηθείᾳ, χαρὰν μεγάλην σφόδρα ὁ μακάριος Νεκτάριος, καὶ ἰδοὺ ἀφίκετο εἰς τὸ Ἄστυ τῆς Παλλάδος, «τὸ παιδευτήριον πάσης σοφίας», κατὰ τὸν εἰπόντα σοφόν, εἰς τὴν πόλιν ἐκείνην, ἔνθα οἱ μεγάλοι φωστῆρες τῆς Ἐκκλησίας καὶ Ἅγιοι Ἱεράρχαι Βασίλειος ὁ Μέγας καὶ Γρηγόριος ὁ Θεολόγος ἐξεπαιδεύθησαν καὶ ἐγένοντο κάτοχοι πάσης θύραθεν σοφίας. Χαίρων δὲ διότι ἔβλεπεν ὅτι ἤρξατο πληρούμενος ὁ πόθος αὐτοῦ, καὶ εὐλογῶν τὸ Πανάγιον ὄνομα το οὐρανίου Πατρός καὶ εὐχόμενος ὑπὲρ τοῦ εὐεργέτου του, ἐπεδόθη μετὰ ζήλου διαπύρου εἰς τὰς σπουδάς, μελετῶν ἡμέραν καὶ νύκτα, χωρὶς νὰ γνωρίσῃ ἑτέρας ὁδούς, εἰμὴ τὴν τοῦ Σχολείου καὶ τὴν τῆς Ἐκκλησίας κατὰ τὰς Κυριακὰς καὶ λοιπὰς Ἑορτάς. Ἐν ᾧ ὅμως ἐλάμβανε τὸ πτυχίον τοῦ Γυμνασίου, ὁ προστάτης αὐτοῦ Ἰωάννης Χωρέμης ἀπεδήμησε πρὸς Κύριον. Στερούμενος οὕτω μέσων ὅπως ἀκολουθήσῃ Θεολογικὰς σπουδὰς ἐν τῷ Πανεπιστημίῳ τῇ προτροπῇ καὶ συστάσει τινῶν κατέφυγεν εἰς Ἀλεξάνδρειαν, ἔνθα ἐκθέσας εἰς τὸν τότε Πατριάρχην Ἀλεξανδρείας Σωφρόνιον τὰ καθ’ ἑαυτόν, ἔτυχεν ἰδιαιτέρας εὐνοίας καὶ προστασίας, τῇ συστάσει δὲ τούτου ἐπανῆλθεν εἰς Ἀθήνας καὶ ἐνεγράφη εἰς τὴν Θεολογικὴν Σχολὴν τοῦ Πανεπιστημίου, παραστεθείσης τῆς κανονικῆς εἰς αὐτὸν ἀδείας ὑπὸ τῆς Ἱερᾶς αὐτοῦ Μονῆς καὶ τοῦ Μητροπολίτου Χίου.

Ἐν τῷ Πανεπιστημίῳ Ἀθηνῶν ἐνεγράφη τῷ ͵αωπβ’ (1882) καὶ ἠξιώθη τοῦ πτυχίου τοῦ προλύτου τῆς Θεολογικῆς Σχολῆς τῷ ͵αωπε’ (1885). Κατὰ τὸ διάστημα τῶν σπουδῶν του ἔτυχεν ὑποτροφίας, διαγωνισθεὶς διὰ τὸ κληροδότημα τοῦ Α. Γ. Παπαδάκη. Φοιτῶν εἰς τὸ Πανεπιστήμιον ἦτο τύπος καὶ παράδειγμα ἐναρέτου κληρικοῦ, σεμνὸς τὰ ἤθη, χρηστὸς τοὺς τρόπους, εὐσχήμων καὶ εὐλαβὴς κατὰ τὸν ἔξω ἄνθρωπον, πρᾷος καὶ ταπεινὸς καὶ συνετὸς κατὰ τὸν ἔσω καὶ μὴ φαινόμενον.