Ταύτην τὴν Μονὴν ἐπανεσύστησε καὶ ἐπανίδρυσεν ὁ Ἅγιος Νεκτάριος ἐπ’ ὀνόματι τῆς Ἁγίας Τριάδος, καὶ παραιτηθεὶς τὸ 1907 τῆς διευθύνσεως τῆς Ριζαρείου Σχολῆς ἐγκατεστάθη ὁριστικῶς ἐν αὐτῇ. Πρὸ ὅμως τῆς παραιτήσεώς του εἶχεν ἀποστείλει ἐκεῖ, ἐν τῇ παλαιᾷ Μονῇ, τὰς ἐν Ἀθήναις πνευματικὰς μαθητρίας του, τὰς ἐπιθυμούσας νὰ περιβληθοῦν τὸ Ἀγγελικὸν Σχῆμα, μεθ’ ὧν ἦτο καὶ ἡ τυφλὴ Ξένη, ἡ χρηματίσασα πρώτη Ἡγουμένη καὶ διαπρέψασα ἐπ’ ἀρετῇ καὶ ὁσιότητι, προστεθεισῶν δὲ καὶ ἑτέρων εἰς τὰς ὑπαρχούσας τότε ἐκεῖ ἀπετελέσθη ἡ πρώτη ἀδελφότης τῆς ἐπανιδρυθείσης Ἱερᾶς Μονῆς.
Πρὸ τῆς ἐγκαταστάσεως τοῦ Ἁγίου ἐν τῇ Μονῇ τῆς Ὁσίας Ἀθανασίας εἶδεν ὁ τότε Ἐφημέριος αὐτῆς Νικόλαος το ἑξῆς χαρακτηριστικὸν ὅραμα. Τῷ ἐφάνη ὅτι εἰσῆλθεν εἰς μεγαλοπρεπῆ αἴθουσαν, ἐν τῇ ὁποίᾳ ἦτο καθημένη ἐπὶ θρόνου δόξης μεγαλοπρεπὴς γυνή, κρατοῦσα εἰς τὰς ἀγκάλας της βρέφος λαμπρότατον, ὅπερ προσεκύνησε καὶ ᾐσθάνθη δρόσον γλυκεῖαν εἰσελθοῦσαν ἐν τῷ στόματί του. Ἱστάμενος περιδεὴς πρὸ τῆς ὑπερλάμπρου γυναικὸς ὁ Ἱερεύς, ἤκουσε φωνὴν «Ἔρχεται ὁ Νεκτάριος», καὶ ἐν τῷ ἅμα εἰσῆλθεν ὁ Ἅγιος, ἐγερθεῖσα δὲ ἐκ τοῦ θρόνου καὶ ἡ φαινομένη ἐκείνη γυνὴ καὶ πλησιάσασα αὐτὸν εἶπεν· «Ἐνθυμεῖσαι ὅτι ἦλθα νὰ σὲ πάρω πρὸ καιροῦ, ἀλλὰ σὲ ἀφῆκα, διότι αἱ Μοναχαὶ ἔχουν ἀνάγκην τῆς προστασίας σου». Τοῦτο ἀσφαλῶς ἐδήλου ὅτι ἡ Κυρία Θεοτόκος εἶχεν ὑπὸ τὴν ἰδιαιτέραν προστασίαν της τὸν Ἅγιον, πρὸς ἀποπεράτωσιν τοῦ ἀρξαμένου πνευματικοῦ του ἔργου ἐν τῇ Ἱερᾷ αὐτοῦ Μονῇ, διασώσασα αὐτόν ποτε ἐκ δεινῆς καὶ ἐπικινδύνου νόσου.
Ἐγκατασταθεὶς ὁ θεῖος Πατὴρ εἰς τὴν Μονὴν αὐτοῦ καὶ ἀπαλλαγεὶς ἄλλων φροντίδων καὶ μεριμνῶν, ἐπεδόθη μετὰ πολλοῦ ζήλου εἰς τὴν ὅσον τὸ δυνατὸν τελειοτέραν κατάρτισιν τοῦ μεγάλου αὐτοῦ ἔργου, τοῦ ἤδη τῇ τοῦ Θεοῦ βοηθείᾳ ἀρξαμένου. Τίς δύναται νὰ διηγηθῇ οἵους κόπους καὶ ἀγῶνας κατέβαλλε νύκτα καὶ ἡμέραν φροντίζων καὶ κοπιῶν καὶ ἐργαζόμενος ὑπὲρ τῆς ρυθμίσεως καὶ εὐταξίας καὶ αὐξήσεως τῆς σεπτῆς Μονῆς του; Ἐφαρμόσας ἐν αὐτῇ τέλειον κοινοβιακὸν σύστημα, ἄγρυπνος διετέλει διὰ τὴν ἐφαρμογὴν τῶν ἐπὶ τούτῳ θείων τῶν Ἁγίων Πατέρων Διατυπώσεων καὶ τῶν λοιπῶν μοναστικῶν Κανόνων, ἐν τῇ κεκανονισμένῃ πρὸς Θεὸν δοξολογίᾳ καὶ ψαλμῳδίᾳ καὶ τῇ ἔξωθεν εὐταξίᾳ καὶ σεμνότητι, τῇ πρεπούσῃ εἰς Μοναχάς, ζώσας τὴν κατὰ Χριστὸν ζωὴν καὶ πολιτείαν.