Ὁ δὲ Πατριάρχης Θεόφιλος, θέλων νὰ ἐκδικηθῆ τὸν Ἰσίδωρον, διότι εὑρέθη ἐκεῖ μάρτυς πρὸς ὑπεράσπισιν τοῦ οἰκονόμου, ἐσυλλογίζετο πῶς νὰ εὕρῃ αἰτίαν νὰ παιδεύσῃ καὶ αὐτόν. Ποίαν λοιπὸν αἰτίαν εὗρε κατ’ αὐτοῦ; Πλουσία τις, ὀνόματι Θεοδότη, ἀδελφὴ τοῦ διοικητοῦ τῆς Ἀλεξανδρείας Θεοδώρου, ἀποθνῄσκουσα ἔδωκεν εἰς τὸν Ἰσίδωρον χίλια φλωρία ἐλεημοσύνην, πρὸς ἀγορὰν ἐνδυμάτων διὰ τὰς πτωχὰς Μοναχάς, αἵτινες εὑρίσκοντο εἰς ἐκεῖνα τὰ μέρη. Ὁ δὲ Θεόφιλος, ὡς τὸ ἔμαθεν, ἀδικητὴς ὢν καὶ ἐπιθυμῶν νὰ σφετερισθῇ τὰ χρήματα ἐκεῖνα, κατηγόρησε τὸν Ἰσίδωρον, ὅτι δὲν ἐρωτᾷ τὸν Πατριάρχην, ἀλλὰ χωρὶς τὴν βουλήν του ἐκτελεῖ ἐκκλησιαστικὰς ὑποθέσεις, τὸν προσεκάλεσε δὲ νὰ ἔλθῃ. Ἐλθόντος τότε τοῦ Ἰσιδώρου, τὸν ἠρώτησε διὰ τὰ φλωρία ἐκεῖνα, τί τὰ ἐποίησεν. Εἶπε δὲ ὁ Ἰσίδωρος ὅτι «καθὼς μοὶ παρήγγειλεν ἡ Θεοδότη, ἠλέησα τὰς πτωχάς». Ὁ δὲ Θεόφιλος, ὅστις ἐνόμισεν ὅτι τὰ ἔχει ἀκόμη ὁ Ἰσίδωρος εἰς τὰς χεῖράς του, διὰ νὰ τὰ λάβῃ αὐτός, ἐθυμώθη πολὺ καὶ φανερὰ δὲν ὡμίλησέ τι, κρυφίως δὲ ἐζήτει καιρὸν πρὸς τιμωρίαν.

Γράφει λοιπὸν ὡς ἀπὸ ἄλλου ἀνθρώπου πρόσωπον εἰς παλαιὸν χαρτίον, τὸ ὁποῖον περιεῖχε κατὰ τοῦ Ἰσιδώρου κατηγορίαν, ὅτι δῆθεν ἔκαμεν ἀρσενοκοιτίαν. Καὶ ἡμέραν τινά, ὅταν ἦτο ἡ Σύνοδος συνηθροισμένη καὶ ὁ Ἰσίδωρος ἐκεῖ, παρουσίασε τὸ χαρτίον ὁ Θεόφιλος, λέγων πρὸς τὸν Ἰσίδωρον· «Τοῦτο τὸ γράμμα, Ἰσίδωρε, πρὸ δεκαοκτὼ ἐτῶν μοὶ τὸ ἔδωκεν ἄνθρωπός τις κατὰ σοῦ καὶ ἐγὼ τότε μὲν κατὰ τὴν ὥραν τὸ ἔβαλον εἰς τὸ κιβώτιόν μου καὶ τὸ ἐλησμόνησα τόσον καιρόν, τώρα δὲ ζητῶν ἄλλα χαρτία, τὸ εὗρον καὶ αὐτό, καὶ ἂς τὸ ἴδωσιν οἱ Πατέρες τί γράφει». Ἦτο δὲ τότε ὁ Ἰσίδωρος ὀγδοήκοντα ἐτῶν ἄνθρωπος γέρων, ἐνάρετος, σοφὸς καὶ Ἀσκητὴς καὶ κἂν τὸ γῆρας του δὲν ἐντρέπετο ὁ Θεόφιλος, ἀλλ’ ἔλεγε τοιαῦτα λόγια. Ὁ μὲν Ἰσίδωρος, ἀναίτιος ὤν, λέγει πρὸς τὸν Πατριάρχην· «Λέγεις ὅτι τὸ ἐλησμόνησας εἰς τὸ κιβώτιόν σου· πῶς δὲν ἦλθε δεύτερον ὁ κατήγορός μου ἐκεῖνος νὰ σοῦ τὸ ὑπενθυμίσῃ τόσα ἔτη; Ἀλλ’ ἂς εἶναι καὶ αὐτό, ἂν δὲν ἦλθε τότε, ἂς ἔλθῃ τώρα, καὶ ἂς μὲ κατηγορήσῃ».

Ταῦτα εἶπεν ὁ Ἰσίδωρος δικαίως ἀπολογούμενος· ὁ δὲ Θεόφιλος τότε μὲν ἄφησε τὴν ὑπόθεσιν, τὴν δὲ ἄλλην ἡμέραν ἐκάλεσε τὴν ἀδελφήν του, τὴν ὁποίαν εἶχεν ἐκεῖ καὶ τῆς ἔδωκε πολλὰ φλωρία, τῆς παρήγγειλε δὲ νὰ τὰ δώσῃ εἰς νέον τινὰ ὡραῖον, τὸν ὁποῖον ἐγίνωσκεν ἐκεῖνος, ὅτι ἐπορεύετο εἰς τὸ κελλίον τοῦ Ἰσιδώρου, νὰ τὸν πείσῃ, δὲ νὰ ὑπάγῃ εἰς τὴν Σύνοδον, νὰ ὁμολογήσῃ ὅτι ἐποίησε μετ’ αὐτοῦ ἁμαρτίαν ὁ Ἰσίδωρος.