Ὅθεν μυστικῷ τῷ τρόπῳ ἀπεκάλυψε πρὸς τὸν Ἀρσένιον τὴν ἐντολὴν ταύτην τοῦ Ἀρκαδίου καὶ τὸν συνεβούλευσε νὰ φύγῃ νύκτα τινὰ κρυφίως, διὰ νὰ μὴ κινδυνεύσῃ. Τοῦτο πασιφανῶς ἦτο οἰκονομία καὶ πρόνοια Θεοῦ, ἵνα ὁ Ὅσιος ἀπομακρυνθῇ ἀπὸ τοὺς θορύβους καὶ τὴν σύγχυσιν τοῦ κόσμου καὶ ἀποχωρήσῃ εἰς τὴν ἡσυχίαν, κατὰ τὸν πόθον του. Νύκτα λοιπόν τινα ὁ ἴδιος ὁ σπαθάριος ἐξήγαγε, τὸν Ἅγιον κρυφίως ἀπὸ τὴν πόλιν.
Ὡς δὲ παρέμεινε μόνος ὁ Ὅσιος, ἀνέπεμψε πρὸς Κύριον δέησιν, ἵνα τὸν διαφυλάττῃ ἀπὸ τὸν κίνδυνον καὶ τον φωτίσῃ ποῦ νὰ ὑπάγῃ, διὰ νὰ ζήσῃ ἐν ἠρεμίᾳ. Ἐνῷ δὲ ὁ μακάριος προσηύχετο, ἤκουσε φωνὴν ἐξ οὐρανῶν λέγουσαν· «Ἀρσένιε, φεῦγε τοὺς ἀνθρώπους καὶ σῴζου». Ταῦτα ἀκούσας ἐχάρη, διότι συνεφώνουν πρὸς τὴν ἐπιθυμίαν του καὶ εὐθὺς ἐζεδύθη τὰ πλούσια ἐκεῖνα ἐνδύματα, τὰ ὁποῖα ἐφόρει, καὶ ἐνεδύθη ράσον ἐσχισμένον, σπεύσας δὲ πρὸς σὸν αἰγιαλὸν εὗρε, θείᾳ Προνοίᾳ πλοῖον, τὸ ὁποῖον ἀπέπλεε τὴν ὥραν ἐκείνην δι’ Ἀλεξάνδρειαν. Εἰς τοῦτο λοιπὸν τὸ πλοῖον ἀνελθών, ἔφθασε μετ’ ὀλίγας ἡμέρας εἰς Ἀλεξάνδρειαν καὶ ἐκεῖ ἐκουρεύθη Μοναχός, ρίψας μὲ τὰς τρίχας τῆς κεφαλῆς καὶ πᾶσαν κοσμικὴν φροντίδα καὶ ματαιότητα. Ἐνδυθεὶς δὲ τὴν ἀγγελικὴν ὡραιότητα, τὸ μοναδικὸν Σχῆμα, τὸ ἁγιώνυμον καὶ σωτήριον, καὶ ἀπελθὼν εἰς ὄρος ὑψηλόν, εἰς τὸ ὁποῖον ἡσύχαζον καὶ ἄλλοι Ἐρημῖται, ἠσκήτευέν ἐκεῖ· οὕτω δὲ χαίρων, ἀπελάμβανε τὴν ὠφέλειαν τῆς ἡσυχίας.
Ὁ δὲ βασιλεὺς ἐλυπήθη σφόδρα, διότι ἔφυγε κρυφίως ὁ Ἀρσένιος καὶ ἔστειλε πανταχοῦ ἀνθρώπους, ἵνα τὸν εὕρωσιν. Οὗτοι τὸν ἀνεζήτουν εἰς ὅλα τὰ σπήλαια, τὰς σχισμὰς τῶν πετρῶν καὶ τὰς φάραγγας, ἀλλ’ ὁ Κύριος τὸν ἐσκέπασε καὶ δὲ ἠδυνήθησαν νὰ τὸν εὕρωσιν, ἐν ὅσῳ ἔζη ὁ Θεοδόσιος. Μετὰ δὲ τὸν θάνατον αὐτοῦ, ἀναλαβὼν τὴν βασιλείαν ὁ Ἀρκάδιος, ἐπληροφορήθη ποῦ εὑρίσκετο ὁ Ἀρσένιος καὶ ὁποίας ἀρετὰς εἶχεν ἐπὶ πλέον ἀποκτήσει. Ὅθεν ἔστειλε πρὸς αὐτὸν γράμματα μὲ πολλὴν ταπείνωσιν καὶ δῶρα, παρακαλῶν τὸν Ὅσιον νὰ τὸν συγχωρήσῃ διὰ τὴν ἄδικον ἐπιβουλὴν καὶ τὸ ἄδικον μῖσος, τὸ ὁποῖον ᾐσθάνθη πρότερον, ὡς νεώτερος. Παρεκάλει δὲ τοῦτον νὰ προσευχηθῇ εἰς τὸν Θεόν, ἵνα τοῦ δίδῃ μακροημέρευσιν, νίκην κατὰ τῶν ἐχθρῶν καὶ τὸν ἐνισχύῃ, ἵνα φυλάττῃ αὐστηρῶς τὰς ἐντολάς Του. Πρὸ πάντων δὲ ἐδέετο μετὰ θερμῶν δακρύων νὰ συγχωρήσῃ αὐτόν, ἐξ ὅλης καρδίας, διὰ τὸ παράπτωμα καὶ νὰ δεχθῇ τὴν δωρεάν, τὴν ὁποίαν τοῦ προσέφερεν, ἤτοι τοὺς φόρους ὅλης τῆς Αἰγύπτου καὶ νὰ διανείμῃ τούτους εἰς πτωχοὺς καὶ Μοναστήρια.