Ὁμοίως καὶ οἱ ὑπάλληλοι τοῦ κριτοῦ τοῦ ἔλεγον· «Λυπήσου τὴν ζωήν σου καὶ τὴν νεότητά σου. Φύγε ἀπὸ ἐδῶ, καὶ ὅπου θέλεις ὕπαγε, καὶ ὅ,τι θέλεις γενοῦ, μόνον φύγε ἀπὸ ἐδῶ Μεχμέτης, διὰ νὰ μὴ θανατωθῇς». Ἀλλὰ σταθερῶς πάντοτε ὁ Ἰωάννης ἀπεκρίνετο· «Ὄχι· ἐγὼ θέλω νὰ ἐξέλθω ἀπ’ ἐδῶ, ὑπάρχων καὶ ὀνομαζόμενος Ἰωάννης». Ταῦτα πάντα εἶναι βεβαίως ἐκτὸς πάσης ἀμφιβολίας, διότι δὲν τὰ διέδωσε συγγενὴς ἢ φίλος τοῦ Μάρτυρος ἢ κἂν Ὀρθόδοξος, ἀλλὰ αἱρετικὸς ἐχθρὸς τῆς Πίστεως, Καθολικὸς (οἶδε γὰρ καὶ πολέμιος ἀρετὴν ἀνδρὸς θαυμάζειν), ὅστις ἦτο διερμηνεὺς Μοσχοβίτης, καὶ ἔτυχεν ἐκεῖ παρὼν δι’ ἄλλην ὑπόθεσιν.
Τελευταῖον βλέποντες ἐκεῖνοι τὸ ἀμετάθετον τῆς γνώμης τοῦ Ἰωάννου ἠγανάκτησαν, καὶ τοῦ λέγουν· «Μὴ νομίσῃς ὅτι θὰ σὲ θανατώσωμεν εὐθὺς διὰ νὰ ἀπαλλαγῇς. Ὄχι! θὰ σὲ βασανίσωμιεν τόσον, ἕως ὅτου νὰ ἀποθάνῃς εἰς τὰ βάσανα». Μὲ τὸν λόγον τοῦτο ἐπρόσταξεν ὁ κριτὴς τινά, ὅστις ἔσυρε τὸ γιαταγάνι του, καὶ μὲ πολλὴν ὁρμὴν καὶ μανίαν τὸν ἔσπρωξε, κατεβάσαντες δὲ αὐτὸν κάτω, τὸν ἐπῆγαν εἰς τὴν φυλακήν, διὰ νὰ τὸν βασανίσουν. Ἀλλὰ πρὶν νὰ τὸν φέρουν εἰς τὴν φυλακήν, τὸν ἐγύρισαν ὀπίσω, καὶ εἰς τὸν ἴδιον καιρὸν ἔστειλαν νὰ φέρουν τὸν πατέρα του, διὰ νὰ τὸν παρακινήσῃ ἐκεῖνος νὰ ὑπακούσῃ εἰς αὐτοὺς τὴν ὥραν ἐκείνην, καὶ κατόπιν ἂς κάμῃ ὅπως θέλει, καὶ ὅπου θέλει ἂς ὑπάγῃ. Πλήν, ἐπειδὴ ὁ πατήρ του ἐφοβεῖτο, καὶ δὲν ἤθελε νὰ ὑπάγῃ ὥρμησαν μὲ θυμὸν καὶ μανίαν οἱ ἀπεσταλμένοι νὰ τὸν ἁρπάσουν καὶ νὰ τὸν φέρουν ἐκεῖ. Τοῦτο βλέποντες μερικοὶ γείτονες Τοῦρκοι ἐμεσίτευσαν καὶ τὸν ἄφησαν. Ἀφοῦ λοιπὸν ἐγύρισαν οἱ ἀπεσταλμένοι καὶ εἶπον, ὅτι ὁ πατήρ του λέγει, ὅτι δὲν ἔχει καμμίαν σχέσιν μὲ αὐτόν, καὶ ὅτι δὲν τὸν θεωρεῖ πλέον διὰ υἱόν του, ἔγινε παρὰ πάντων ἀπόφασις νὰ ἀποκεφαλισθῇ.
Παραλαβόντες λοιπὸν αὐτὸν οἱ Ἀγαρηνοὶ ἔδεσαν ὀπίσω τὰς χεῖρας του, καὶ τον ἔφερον εἰς τὸν τόπον τῆς καταδίκης. Ἐπροπορεύετο δὲ πάντοτε ὁ κήρυξ καὶ ἐφώναζεν· «Ἰδοὺ πῶς τιμωρεῖται, ὅστις ἀρνεῖται τὴν πίστιν ἡμῶν». Ὁ δὲ Ἰωάννης, συρόμενος ὄπισθεν, ἐφώναζε καὶ αὐτός· «Συγχωρεῖτε με, Χριστιανοί, καὶ ὁ Θεὸς συγχωρήσοι σας». Καὶ ούτως ὡς λαμπρότατος ἀριστεὺς ἔτρεχεν ὁ τοῦ Κυρίου ἀήττητος Μάρτυς εἰς τὸ Σοὰν-παζάρι διὰ νὰ στήσῃ τὰ τελευταῖα τρόπαια τῆς νίκης του κατὰ τῶν ὁρατῶν καὶ ἀοράτων ἐχθρῶν, κατὰ τὸν ἐξ ἀρχῆς σκοπὸν καὶ πόθον του.