Καὶ παρευθὺς ἀνεχώρησε καὶ ἐπῆγεν εἰς τὸ ἐργαστήριον τοῦ ἀγᾶ του. Ὁ ἀγᾶς τὸν ἔστειλεν εἰς τὸν οἶκόν του μὲ τὸ συνηθισμένον ὀψώνιον, καὶ ὁ Ἰωάννης πηγαίνων εἰς τὸν κατηραμένον ἐκεῖνον οἶκον, ἐξεδύθη τὰ τουρκικὰ φορέματα, καὶ ἐνεδύθη τὰ πρότερα χριστιανικά, καὶ ἐν ταὐτῷ τρέχει ἀμέσως εἰς τὸ κριτήριον, καὶ παρρησιάζεται μὲ φορέματα χριστιανικά, καὶ σαρίκι τούρκικον εἰς τὴν κεφαλήν. Τί δὲ εἶπε, κατὰ τῆς ἀντιχρίστου θρησκείας, καὶ τί ὑπὲρ τῆς ἁγίας Πίστεως τοῦ Χριστοῦ, καὶ πῶς ἔκαμε τὴν Χριστιανικήν του ὁμολογίαν, δὲν εὑρέθη ἐκεῖ Χριστιανός τις νὰ ἀκούσῃ καὶ νὰ μᾶς τὰ φανερώσῃ· ἄλλο δὲν ἐκηρύχθη ἔξω ὑπὸ τῶν ἀσεβῶν, παρὰ μόνον ὅτι ἔλεγε· «Δὲν θέλω νὰ ὀνομάζωμαι Μεχμέτης, ἀλλὰ Ἰωάννης». Ἐκεῖθεν τὸν στέλλει ὁ κριτὴς εἰς τὴν φυλακὴν καὶ παρευθὺς διεδόθη ἡ φήμη πανταχοῦ, ὅτι ἓν παιδίον νέον μεταβαίνει νὰ μαρτυρήσῃ, καὶ τοὺς μὲν Χριστιανοὺς ἐχαροποίηοεν ἡ ὄντως χαροποιὸς αὕτὴ εἴδησις, τοὺς δὲ Αγαρηνοὺς ἐλύπησε καὶ ἐσύγχυσε.

Τὴν τρίτην ἔγινε συνέλευσις εἰς τὸ διοικητήριον καὶ συνήχθησαν ἐκεῖ ὅλοι, ὁ διοικητής, δύο ψευδομάρτυρες καὶ ὅλοι οἱ ἀγάδες καὶ ἐπίσημοι τῆς Σμύρνης, ὡσὰν νὰ ἦτο καμμία μεγάλη βασιλικὴ ὑπόθεσις. Ὁ Μάρτυς μανθάνει εἰς τὴν φυλακὴν τὸ παράνομον συνέδριον ἐκεῖνο, καὶ ἀφοῦ ἐζήτησε διὰ προσευχῆς τὴν ἐξ ὕψους βοήθειαν, διεμήνυσεν εἰς τὸν πατέρα του, μὲ τὸν ὑπηρέτην τῆς φυλακῆς, Χατζῆ Σταυρινὸν καλούμενον, νὰ ὑπάγῃ εἰς τὴν φυλακὴν καὶ νὰ τὸν εὐχηθῇ. Θέλει ὁ εὐλογημένος πατήρ· καταφλέγονται τὰ πατρικὰ σπλάγχνα του, νὰ ἀποχαιρετήσῃ τὸν υἱόν, καὶ νὰ τοῦ δώσῃ τὸν τελευταῖον ἀσπασμόν, ἀλλὰ φοβεῖται. Καὶ λοιπόν, μὲ κατανυκτικὰ δάκρυα εἰς τοὺς ὀφθαλμούς, τοῦ παρήγγειλε μὲ τὸν Χατζῆ Σταυρινὸν τὰ ἀκόλουθα· «Ἂς ἔχῃ τὴν εὐχὴν τοῦ Χριστοῦ καὶ τῆς Παναγίας καὶ ἐμοῦ τοῦ ἁμαρτωλοῦ· ἡ Χάρις τοῦ Παναγίου Πνεύματος νὰ τὸν ἐνδυναμώσῃ νὰ λάβῃ ἐκεῖνο ὅπου ποθεῖ. Νὰ προσέχῃ ὅμως νὰ μὴ ἀναφέρῃ ἐξεταζόμενος οὔτε πατέρα οὔτε ἀδελφόν, οὔτε κανένα ἄλλον συγγενῆ, διὰ νὰ μὴ τοὺς ἀκολουθήσῃ κανεὶς πειρασμὸς ἢ ἄλλο κακόν».

Ἐν τῷ μεταξὺ αὐτὸ συνεσκέφθη καὶ συνεβουλεύσατο καὶ τὸ πονηρὸν τῶν Ἀγαρηνῶν συνέδριον· καὶ ἐκβαλόντες τὸν Μάρτυρα ἐκ τῆς φυλακῆς, τὸν παρέστησαν εἰς δευτέραν ἐξέτασιν. Ἠρωτήθη ἐκεῖ ὁ Μάρτυς, ἐξητάσθη ἐνώπιον πάντων, ὡμολόγησε παρρησίᾳ τὴν ἁγίαν Πίστιν τοῦ Χριστοῦ, ἠρνήθη ἀφόβως τὴν ἐναντίαν.