Ἀπὸ τότε ἀνεφύη μεταξὺ τοῦ Ἁγίου καὶ τοῦ ἐπάρχου μεγάλη διχόνοια καὶ ἀσυμφωνία· διότι ὁ μὲν Ἅγιος ὑπερήσπιζε τοὺς Χριστιανούς, ὁ δὲ ἔπαρχος τοὺς Ἑβραίους. Ὅθεν καὶ οἱ δύο ἔγραψαν, ὁ καθ’ εἷς χωριστά, πρὸς τὸν βασιλέα Θεοδόσιον τὸν Μικρὸν περὶ τῆς ὑποθέσεως ταύτης καὶ ἐπερίμεναν τὰς διαταγὰς τοῦ αὐτοκράτορος. Ἐν τῷ μεταξὺ δὲ τούτῳ συνέβη καὶ ἕτερον γεγονὸς εἰς τὴν Ἀλεξάνδρειαν, ὅπερ ἔγινεν αἰτία φόνων καὶ μεγάλης συγχύσεως. Εἶναι δὲ τοῦτο τὸ ἑξῆς:

Εἰς τὴν πόλιν τῆς Ἀλεξανδρείας ἔζη μία παρθένος φιλόσοφος, ὀνομαζομένη Ὑπατία, λίαν δὲ ἐνάρετος, θυγάτηρ Θέωνος τοῦ φιλοσόφου, ἀπὸ τὸν ὁποῖον διδασκομένη τὴν φιλοσοφίαν ἐκ νεαρᾶς της ἡλικίας τοσοῦτον ἐπρόκοψεν, ὥστε ὑπερέβαλλεν εἰς τὴν σοφίαν ὅλους τοὺς φιλοσόφους τοῦ τότε καιροῦ, καθὼς δι’ αὐτὴν γράφει καὶ ὁ σοφὸς Συνέσιος, ὁ τῆς Κυρήνης Ἐπίσκοπος, καὶ ἐγκωμιάζει αὐτήν. Αὕτη ἐφύλαττε καθαρὰν παρθενίαν καὶ δὲν ἠθέλησε νὰ ὑπανδρευθῇ, κυρίως διὰ νὰ δύναται ἀπερίσπαστος νὰ καταγίνεται εἰς τὰ βιβλία τῆς φιλοσοφίας. Ὅθεν οἱ μὲν σπουδαῖοι ἄνδρες ἔσπευδον εἰς τὴν Ἀλεξάνδρειαν ἀπὸ κάθε μέρος διὰ νὰ ἴδουν καὶ ἀκούσουν τὴν σοφίαν τῆς φιλοσόφου ταύτης Ὑπατίας. Οἱ δὲ κληρικοὶ καὶ ἄρχοντες καὶ πᾶς ὁ λαὸς ἐτίμων αὐτὴν καὶ ἤκουον μὲ ἀγάπην τὰς ψυχωφελεῖς αὐτῆς συμβουλὰς καὶ νουθεσίας. Αὐτὴ λοιπὸν ἡ φιλόσοφος καὶ παρθένος, ἐπιθυμοῦσα νὰ εἰρηνεύσῃ πρὸς ἀλλήλους τὸν Πατριάρχην καὶ τὸν ἔπαρχον, μετέβαινε μὲ πολλὴν πρᾳότητα καὶ ταπείνωσιν, πότε εἰς τὸν ἕνα καὶ πότε εἰς τὸν ἄλλον καὶ διὰ τῶν σοφῶν καὶ φρονίμων λόγων της κατέπεισε καὶ τοὺς δύο νὰ εἰρηνεύσουν. Ἀλλ’ ἂν καὶ ὁ ἁγιώτατος Πατριάρχης καὶ πρὸ τούτου ἀκόμη ἐζήτει νὰ εἰρηνεύσῃ μετὰ τοῦ ἐπάρχου, ἐκεῖνος ὅμως, κακότροπος καὶ μνησίκακος ὤν, οὔτε νὰ ἀκούσῃ ἤθελε διὰ τὴν συνδιαλλαγὴν μὲ τὸν Πατριάρχην.

Εἰς τὸ σημεῖον τοῦτο εὑρίσκοντο αἱ σχέσεις τοῦ ἐπάρχου πρὸς τὸν Πατριάρχην, ὅταν ἡμέραν τινὰ ἐπέστρεφεν ἡ φιλόσοφος αὕτη μὲ τὴν ἅμαξάν της εἰς τὸν οἶκόν της. Τότε τινὲς στασιώδεις καὶ μισοῦντες τὴν εἰρήνευσιν τοῦ ἐπάρχου καὶ τοῦ Πατριάρχου, ὥρμησαν ἔξαφνα ἐναντίον της καὶ σύραντες αὐτὴν βιαίως ἔξω ἀπὸ τὴν ἅμαξαν, καὶ σχίσαντες τὰ ἐνδύματά της, τόσον σκληρῶς καὶ ἀπανθρώπως ἐκτύπησαν αὐτήν, ὥστε τὴν ἐθανάτωσαν· καὶ δὲν ἱκανοποιήθη μέχρι τούτου ἡ κακία των, ἀλλά, ὦ τῆς ἀπανθρωπίας καὶ θηριώδους αὐτῶν ἀσπλαγχνίας! καὶ εἰς τὸ νεκρὸν σῶμα τῆς παρθένου ὁρμήσαντες, κατέκοψαν αὐτὸ εἰς κομμάτια καὶ ἐν τόπῳ καλουμένῳ Κηνάρῳ τὰ λείψανα τούτου κατέκαυσαν. Ταύτην τὴν ἐλεεινὴν τραγῳδίαν καὶ συμφορὰν μαθόντες ὅλοι οἱ Ἀλεξανδρινοὶ ἐλυπήθησαν εἰς τὸ ἔπακρον, καὶ μάλιστα οἱ σπουδαῖοι καὶ σοφοί.