Μετὰ τὴν εὐχὴν ταύτην ἐπεκαλεῖτο τὴν βοήθειαν καὶ μεσιτείαν τῆς Ὑπεραγίας Θεοτόκου, τῶν Ἁγίων Μαρτύρων καὶ ἰδίως τοῦ Ἁγίου Μάρτυρος Πολυδώρου· αὐτὴν τὴν εὐχὴν ἐδέχθη ὁ Ἀθλητὴς οὗτος ὡς βοηθητικὸν μέσον καὶ ὅπλον ἀκαταμάχητον τῆς μαρτυρικῆς κλήσεώς του καὶ αὐτὴν ἔλεγε συχνὰ μὲ μεγάλην καὶ κατανυκτικὴν εὐλάβειαν, συχνότερα δὲ ἔλεγεν· «Κύριε Ἰησοῦ Χριστέ, ἐλέησόν με τὸν ἀρνητήν σου, ὁδήγησόν με καὶ φώτισόν με εἰς ὁδὸν μετανοίας· ζήτησόν με τὸν πεπλανημένον, ὡς τὸ ἀπολωλὸς πρόβατον, μνήσθητί μου ἐν τῇ Βασιλείᾳ σου καὶ δέξαι με ὡς τὸν λῃστήν, ὡς τὴν πόρνην καὶ ὡς τὸν ἄσωτον υἱὸν καὶ κατάταξόν με ἐν ταῖς σκηναῖς τῶν Δικαίων». Αὐταὶ αἱ εὐχαὶ ἔδωσαν μεγάλην κατάνυξιν εἰς τὴν καρδίαν τοῦ Μάρτυρος καὶ ἔνθερμον ἀφοσίωσιν εἰς τὸν πόθον τοῦ Μαρτυρίου τόσον, ὥστε ἐζήτει ἐπιμόνως καὶ ἔλεγεν εἰς ἐκεῖνον τὸν ζηλωτὴν ἀδελφόν· «Πάτερ, νὰ ἑτοιμασθῶμεν, διότι εἶναι καιρὸς πλέον νὰ ὑπάγωμεν διὰ τὴν ὑπόθεσίν μας». Εἰς αὐτὴν τὴν φλογερὰν κατάνυξιν καὶ ἀπόφασιν εὑρίσκομένου τοῦ Μάρτυρος ἔφθασε καὶ ὁ πρῶτος του πνευματικὸς πατὴρ καὶ ἀφ’ οὗ τοῦ ἔκαμαν πολλὰς καὶ ποικίλας δοκιμασίας καὶ οἱ δύο καὶ εἶδον ἀκλόνητον καὶ στερεὰν τὴν γνώμην του, ἀπεφάσισαν τὴν ὁδὸν τοῦ Μαρτυρίου· καὶ ὁ μὲν ζηλωτὴς ἀδελφὸς νὰ συντροφεύσῃ τὸν Μάρτυρα μέχρι τῆς Μυτιλήνης καὶ νὰ τὸν παρηγορῇ κατὰ τὴν ὁδόν, ὁ δὲ πνευματικός του, ἀφ’ οὗ τοὺς συνεβούλευσε τὰ δέοντα καὶ τοὺς ἀπέστειλεν, ἔμεινεν εἰς τὴν Χίον.
Κατὰ τὴν νύκτα ὅμως ἐκείνην, ὁ εὐλογημένος Θεόδωρος ἐδοκίμασε μέγαν ἀγῶνα λογισμῶν ἀκαθαρσίας καὶ βλασφημίας καὶ συχνὰ ἐξύπνα τὴν νύκτα τὸν ἀδελφὸν καὶ τοῦ ἔλεγεν· «Ἄχ, Γέροντά μου, τί νὰ κάμω; Δὲν μὲ λυπεῖσαι τὸν δυστυχῆ, μὲ ἔφαγον οἱ λογισμοί, τὸν ταλαίπωρον». Ἐκεῖνος τὸν παρηγόρει ὅσον ἠδύνατο. Ἀλλ’ ὁ Μάρτυς πάλιν τοῦ ἔλεγεν· «Ἅγιε μου Γέροντα, ἂς ὑπάγωμεν τὸ γρηγορώτερον διὰ νὰ ἐλευθερωθῶ ἀπὸ τὸν σατανᾶν, διότι μὲ κατατρώγει τὸν δυστυχῆ· θέλω νὰ ὑπάγω εἰς τὸν Χριστόν μου, νὰ ὑπάγω τὸ ταχύτερον»! Ἕως δὲ νὰ φθάσουν εἰς τὴν Μυτιλήνην τὸ σῶμα τοῦ εὐλογημένου Θεοδώρου ἀπὸ τὴν ἀδυναμίαν ἀνέλυσεν. Ὅταν δὲ ἔφθασαν, εἰσῆλθον εἰς τὸ πλοῖον δύο Ἀγαρηνοὶ καὶ τοὺς ἐφόβησαν πολύ, μετ’ ὀλίγην ὅμως ὥραν ἔφυγον χωρὶς νὰ τοὺς πειράξωσι. Τότε ὁ Μάρτυς λέγει πρὸς τὸν ἀδελφόν· «Γέροντά μου, δὲν εἶναι συμφέρον εἰς ἐμὲ νὰ καθήσω περισσότεοον ἐντὸς τοῦ πλοίου, ἀλλὰ νὰ ἐξέλθωμεν καὶ νὰ κάμωμεν τὴν ἐργασίαν μας». Ἀμέσως τότε παρεμέρισαν ὀλίγον καὶ ἑτοιμάσαντες μετέλαβεν τὸν Μάρτυρα τὰ θεῖα Μυστήρια μὲ πολλὴν κατάνυξιν καὶ εὐλάβειαν. Ἔπειτα ὅταν ἐκάθισαν νὰ φάγωσιν ὀλίγην τροφήν,