Ἀλλ’ ἐπειδὴ τὸν καιρὸν ἐκεῖνον ἦτο μεγάλη σύγχυσις καὶ ταραχὴ εἰς τὰς Ἐκκλησίας, διὰ τὴν ψευδοσύνοδον ποὺ ἔγινε τότε εἰς Φλωρεντίαν ὑπὸ Ἰωάννου τοῦ Παλαιολόγου, καὶ οἱ Ἀνατολικοὶ δὲν ἤθελαν νὰ τὴν δεχθοῦν παντελῶς, διὰ τοῦτο ὁ σοφὸς Ζαχαρίας ὁμοῦ μὲ τὸν ἱερὸν Νήφωνα μετέβησαν εἰς τὴν Ἀσκάλωνα, διδάσκοντες ἐπ’ Ἐκκλησίαις τοὺς Χριστιανοὺς νὰ ἵστανται στερεοὶ εἰς τὴν Ὀρθοδοξίαν καὶ εἰς τοὺς ὅρους τῶν Ἁγίων Ἀποστόλων καὶ τῶν οἰκουμενικῶν Συνόδων. Ἐκεῖθεν ἀναχωρήσαντες ἐπῆγαν εἰς τὴν πόλιν τῆς Κρόγιας, ὁ δὲ αὐθέντης τοῦ τόπου Γεώργιος ὁ Σκενδέρμπεης ἐδέχθη αὐτοὺς μετὰ πάσης τιμῆς καὶ εὐλαβείας, ὅτι καὶ πρότερον εἶχεν ἀκούσει τὴν φήμην των καὶ μὲ μεγάλην του χαρὰν περιποιηθεὶς αὐτοὺς ἐκράτησε μαζί του εἰς τὸ παλάτιόν του, κάμνων καὶ πνευματικόν του πατέρα τὸν σοφώτατον Ζαχαρίαν.
Κατ’ ἐκεῖνον τὸν καιρὸν ἀπέθανεν ἐν Κωνσταντινουπόλει ὁ βασιλεὺς Ἰωάννης ὁ Παλαιολόγος, ἐβασίλευσε δὲ ἀντ’ αὐτοῦ Κωνσταντῖνος ὁ ἀδελφὸς αὐτοῦ, ὁ ὁποῖος συγκροτήσας Σύνοδον ἐκήρυξεν ἄκυρον τὴν ἐν Φλωρεντίᾳ Σύνοδον. Παρελθόντος δὲ ὀλίγου καιροῦ, κρίμασιν οἷς οἶδεν ὁ Ἅγιος Θεός, ὑπέταξαν τὴν Κωνσταντινούπολιν οἱ Τοῦρκοι κατὰ τὸ ͵αυνγ’ (1453) ἔτος ἀπὸ Χριστοῦ· ἦτο δὲ μεγάλη ζάλη καὶ ταραχὴ εἰς ὅλα τὰ μέρη ἀπὸ τὰς αἱματοχυσίας τῶν πολέμων, καὶ ἔτρεχον οἱ Χριστιανοὶ ἀπὸ τόπου εἰς τόπον διὰ νὰ κρύπτωνται. Τότε καὶ οὗτοι οἱ μακάριοι ἐκρύβησαν ὀλίγον καιρὸν εἰς ἓν ὄρος, ἕως ὅτου ἔπαυσεν ἡ σύγχυσις· ἔπειτα ἦλθον εἰς τὴν πολιτείαν τῆς Ἀχρίδος, μέσα εἰς τὴν ὁποίαν εὑρίσκετο Μοναστήριον τῆς Ὑπεραγίας Θεοτόκου, εἰς αὐτὸ δὲ ἔμειναν ὁμοῦ μὲ τοὺς ἄλλους ἀδελφούς· ὁ δὲ ἱερὸς Νήφων ἐπέμενε σπουδάζων τὰ μαθήματα τοῦ διδασκάλου του Ζαχαρία. Κατὰ δὲ τὰς ἡμέρας ἐκείνας ἐκοιμήθη ἐν Κυρίῳ ὁ ἀρχιερεὺς Ἀχρίδος Νικόλαος, καὶ συνταχθέντες οἱ Ἐπίσκοποι καὶ οἱ κληρικοὶ καὶ ὅλον τὸ πλῆθος παρεκάλουν τὸν ἱερὸν Ζαχαρίαν νὰ δεχθῇ τὸ ἀξίωμα τῆς ἀρχιερωσύνης, ἐπειδὴ ἦτο περιβόητος εἰς ὅλους διὰ τὴν ἀρετὴν καὶ τὴν σοφίαν του· ὁ δέ, ταπεινῶν τὸν ἑαυτόν του, ἔλεγεν, ὅτι δὲν εἷναι ἄξιος νὰ ἀναλάβῃ τοιοῦτον βάρος ψυχῶν, ἀφοῦ μόλις καὶ μετὰ βίας ἠμπορεῖ νὰ σώσῃ τὴν ἰδικήν του ψυχήν. Ἀλλ’ ἐκεῖνοι δὲν ἔπαυαν δεόμενοι καὶ παρακαλοῦντες αὐτόν, ἕως ὅτου τὸν κατέπεισαν καὶ ἐδέχθη τὴν ψῆφον.