Κατὰ τὴν ἰδίαν ἐκείνην ἡμέραν τοῦ Ἁγίου Πάσχα καὶ περί ὥραν δεκάτην πρὸ μεσημβρίας, τοῦ ἀνήγγειλαν οἱ ἐκεῖ παρευρισκόμενοι Κληρικοὶ ὅτι ἦλθον εἰς τὰ Πατριαρχεῖα καὶ τὸν ζητοῦν ὁ μέγας διερμηνεὺς Σταυράκης Ἀριστάρχης καὶ ὁ Τοῦρκος γενικὸς γραμματεὺς τοῦ ὑπουργείου τῶν Ἐξωτερικῶν, νομίσας δὲ ὁ Ἅγιος ὅτι ἦλθον δι’ ἐπίσκεψιν ἐπὶ τῇ ἑορτῇ τοῦ Πάσχα ἠγέρθη καὶ ἀνέμενεν. Ἀλλ’ ὁ διερμηνεὺς μεταβὰς εἰς τὴν αἴθουσαν τῶν συνεδριάσεων τῆς Ἱερᾶς Συνόδου καὶ προσκαλέσας ἐσπευσμένως τοὺς Ἀρχιερεῖς ἀνέγνωσε σουλτανικὸν φιρμάνιον διὰ τοῦ ὁποίου ὁ Πατριάρχης Γρηγόριος Ε’ ἐπαύετο ὡς ἀνάξιος τοῦ Πατριαρχικοῦ θρόνου, ἀγνώμων πρὸς τὴν Ὑψηλὴν Πύλην καὶ ἄπιστος. Ὁ ἔκπτωτος Πατριάρχης συλληφθεὶς ἀμέσως ὑπὸ τῶν παρισταμένων Γενιτσάρων ἀπήχθη εἰς τὰς φυλακὰς Μποστανζήμπαση, ἔνθα ὑποβληθεὶς εἰς πολυτρόπους βασάνους καὶ ἐμπαικτικὰς ἐρωτήσεις ἐτήρησεν ἀξιοθαύμαστον σιωπήν, τὴν ὁποίαν διέκοψεν ἅπαξ μόνον εἰς τὰς προτροπὰς τῶν βασανιστῶν, ὅπως ἐξομώσῃ τὴν εἰς Χριστὸν Πίστιν καὶ σωθῇ, εἰπών· «Ὁ Πατριάρχης τῶν Χριστιανῶν Χριστιανὸς ἀποθνῄσκει». Μετά τινας ὥρας ὡδηγήθη ὑπὸ πολυαρίθμου φρουρᾶς εἰς τὴν ἀποβάθραν τοῦ Φαναρίου, νομίσας δὲ ὅτι ἐκεῖ ἦτο ὁ τόπος τῆς ἐκτελέσεώς του, ἀνέτεινε τοὺς ὀφθαλμοὺς πρὸς τὸν οὐρανὸν καὶ ποιήσας τὸ σημεῖον τοῦ Σταυροῦ ἐγονυπέτησε καὶ ἔκλινε τὸν αὐχένα πρὸς ἀποκεφαλισμόν. Ἠγέρθη ὅμως καὶ πάλιν ἐκεῖθεν συρόμενος ὑπὸ τῶν δημίων, οἵτινες περιήγαγον αὐτὸν διὰ τοῦ πολυαρίθμου τουρκικοῦ πλήθους μέχρι τῶν Πατριαρχείων, ὅπου καὶ τὸν ἀπηγχόνισαν εἰς τὴν μεσαίαν πύλην αὐτῶν. Ἔκτοτε ἡ πύλη αὕτη παραμένει κλειστή. Κατὰ δὲ τὴν τελευταίαν πρὸ τοῦ ἀπαγχονισμοῦ του στιγμήν, ἐκτείνας ὁ μακάριος ἐκεῖνος Πατριάρχης τὰς χεῖρας του, ηὐλόγησε πάντας τοὺς πιστοὺς καὶ εἶπε· «Κύριε Ἰησοῦ Χριστέ, δέξαι τὸ πνεῦμα μου».

Ταῦτα πάντα συνέβησαν καθ’ ὃν χρόνον οἱ εὑρισκόμενοι εἰς τὰ Πατριαρχεῖα Ἀρχιερεῖς, ἀγνοοῦντες τὰ γενόμενα καὶ νομίζοντες τὸν μακάριον Γρηγόριον εἰς ἐξορίαν μόνον ἀπαχθέντα, ἀνευφήμουν τὸν νέον Πατριάρχην Εὐγένιον. Ἐπὶ δὲ τοῦ ἀσπαίροντος ἔτι σώματος τοῦ ἀοιδίμου Γρηγόριου προσελθὼν ὁ Τοῦρκος φρούραρχος ἀνήρτησε χάρτην, ἐπὶ τοῦ ὁποίου ἀνεγράφετο διὰ μακρῶν ἡ αἰτία τῆς καταδίκης του. Τὸ νεκρὸν σῶμα τοῦ Γρηγορίου παρέμεινεν ἐπὶ τῆς ἀγχόνης ἐπὶ τρεῖς ἡμέρας, εἰς μάτην δὲ ὁ νέος Πατριάρχης Εὐγένιος προσεπάθησε νὰ ἀγοράσῃ τοῦτο πρὸς ἐνταφιασμόν.