Ἐμερίμνησεν ἐπίσης καὶ περὶ τοῦ ὑπ’ αὐτοῦ ἱδρυθέντος τυπογραφείου, εἰς τὸ ὁποῖον ἐξέδωκε κατὰ τὸ δεύτερον ἔτος τῆς δευτέρας αὐτοῦ πατριαρχείας «Ἐξήγησιν τῶν εἰς τὴν ἑξαήμερον ἕνδεκα ὁμιλιῶν τοῦ ἐν Ἁγίοις θεοφόρου Πατρὸς ἡμῶν Βασιλείου τοῦ Μεγάλου» (1807), τὴν ὁποίαν συνέγραψεν ὁ Ἅγιος κατὰ τὴν ἐν Ἁγίῳ Ὄρει παραμονήν του. Τὴν ε’ (5ην) Ἰανουαρίου ͵αωζ’ (1807) ὁ σουλτᾶνος, κηρύξας ἐπισημως τὸν πόλεμον κατὰ τῆς Ρωσίας, ἠνάγκασε τὸν Πατριάρχην νὰ ἐκδώσῃ «Ἐκκλησιαστικὸν καὶ συμβουλευτικὸν γράμμα» πρὸς τοὺς Ἕλληνας ἐναντίον τῶν Ρώσων, ὅπερ ἔπραξεν οὗτος, διὰ νὰ ἀποφύγῃ τὰς σφαγὰς τῶν Ἑλλήνων ἐν περιπτώσει συμπράξεως τούτων μετὰ τῶν Ρώσων. Κατὰ τὸν Μάρτιον τοῦ ἔτους ͵αωζ’ (1807) ὁ Ρῶσος ναύαρχος Σενιάβιν ἐξέπεμψε προκηρύξεις πρὸς τοὺς Χριστιανοὺς κατοίκους τοῦ Ὀθωμανικοῦ Κράτους, ἐν συνεννοήσει δὲ καὶ μετὰ τοῦ ἀρματωλοῦ τῆς Θεσσαλίας Νίκου Τσάρα ἐκίνησεν ἐπανάστασιν κατὰ τῶν Τούρκων. Ὁ σουλτᾶνος ἐζήτησε τότε παρὰ τοῦ Πατριάρχου νὰ προτρέψῃ τοὺς ἐπαναστάτας νὰ διαλυθῶσιν, ὅπερ καὶ ἐγένετο. Ἕτεροι ὅμως ἀπεσταλμένοι τῆς Ρωσίας μεταβάντες εἰς τὸν Ὄλυμπον ἐκίνησαν νέαν ἐπανάστασιν, τῆς ὁποίας ἡγήθη ὁ Ἱερεὺς Εὐθύμιος Βλαχάβας. Κατ’ ἀπαίτησιν τότε τοῦ σουλτάνου ἔγραψε καὶ εἰς τὸν Βλαχάβαν ὁ Γρηγόριος, ὅστις ἐπείσθη καὶ κατέπαυσε τὴν ἐπανάστασιν. Κατὰ τὴν η’ (8ην) Ἰουλίου τοῦ ἔτους ͵αωη’ (1808) γενομένης στάσεως ἐν Κωνσταντινουπόλει ἐξεβλήθη τοῦ θρόνου ὁ σουλτᾶνος Σελὶμ ὑπὸ τῶν Γενιτσάρων ἐπὶ κεφαλῆς ἐχόντων τὸν Μουσταφᾶ Μπαϊρακτάρ, ὅστις ἐνεθρόνισε τὸν σουλτᾶνον Μαχμούτ, ἠξίωσε δὲ καὶ τὴν ἀπομάκρυνσιν τοῦ Πατριάρχου Γρηγορίου Ε’, ὅστις ἠναγκάσθη νὰ ὑπογράψῃ τὴν παραίτησίν του τὴν ι’ (10ην) Σεπτεμβρίου ͵αωη’ (1808) καὶ νὰ ἀποσυρθῇ εἰς τὴν ἐν Πριγκήπῳ Μονὴν τῆς Μεταμορφώσεως, εἰς τὴν ὁποίαν διέμεινεν ἐπὶ ἓν ἔτος.

Μετὰ τὴν δευτέραν ἀπομάκρυνσιν τοῦ θείου Γρηγορίου, ἀνῆλθεν ἐπὶ τοῦ Πατριαρχικοῦ θρόνου τὸ δεύτερον ὁ Καλλίνικος Ε’ (1808-1809) ἄνευ κανονικῆς ἐκλογῆς αὐτοῦ ὑπὸ τῆς Ἱερᾶς Συνόδου, ἀλλὰ δι’ ἁπλοῦ βεζυρικοῦ διατάγματος. Μετὰ δεκάμηνον δὲ πατριαρχείαν ἐξωσθέντος καὶ τούτου ἀνῆλθεν ἐπὶ τοῦ Οἰκουμενικοῦ θρόνου ὁ Ἱερεμίας Δ’ (1809-1813), ὅστις ἐξώρισε τὸν θεῖον Γρηγόριον εἰς τὸ Ἅγιον Ὄρος. Τότε ὁ Ἅγιος μεταβὰς εὐχαρίστως καὶ πάλιν εἰς τὸ Ἅγιον Ὅρος ἐγκατεστάθη εἰς τὴν Μονὴν τῶν Ἰβήρων καὶ ἐπεδόθη καὶ πάλιν εἰς τὰς προσφιλεῖς αὐτοῦ μελέτας καὶ Μοναχικὰς ἀσκήσεις. Ἐκεῖθεν δὲ ἐπὶ ἐννέα ὅλα ἔτη παρηκολούθει τὰ τῆς Ἐκκλησίας καὶ τοῦ Γένους πράγματα.