Κατὰ τὸ ἔτος ͵αψϟη’ (1798) οἱ τὴν Ἑπτάνησον τότε κατέχοντες Γάλλοι πέμψαντες κήρυκας εἰς τὴν Πρέβεζαν καὶ τὰ παράλια τῆς Ἄρτης ἐξήπτον τὸ ὑπὲρ τῆς ἐλευθερίας φρόνημα τῶν κατοίκων, μαθὼν δὲ τοῦτο ὁ Ἀλῆ πασᾶς τὸ κατήγγειλεν εἰς τὸν σουλτᾶνον ὡς ἀποστασίαν, οὗτος δὲ ἡτοίμαζε νὰ ἀποστείλῃ πολυάριθμον στρατὸν πρὸς ἀποκατάστασιν τῆς ἡσυχίας. Παρεμβὰς τότε ὁ θεῖος Γρηγόριος ἐπέτυχεν, ὅπως ἐξουσιοδοτηθῆ ἡ Ἐκκλησία, ἵνα καταπαύσῃ τὰς ἐν λόγῳ ταραχάς, τὰς ὁποίας αὐτὸς ἐνόμιζεν ὑποψίας προελθούσας ἐκ τῆς γειτονίας τῶν Γάλλων. Ἡ μεσιτεία τοῦ Πατριάρχου ἐγένετο δεκτή, ἀπεστάλη δὲ ἐξαρχικῶς εἰς τὴν Ἄρταν ὁ Πρωτοσύγκελλος Ἰωαννίκιος ὁ Βυζάντιος μετὰ τῶν προσηκόντων γραμμάτων τῆς Ἐκκλησίας, ὅστις ἐπιστρέψας ἐκόμισεν ἀναφορὰν τοῦ κριτοῦ τῆς Ἄρτης βεβαιοῦσαν, ὅτι ἐπικρατεῖ ἄκρα ἡσυχία. Συγχρόνως προσεκόμισε καὶ πανδήμους ἀναφορὰς τοῦ λαοῦ ἐκφράζοντος τὴν πιστὴν αὐτοῦ ὑπακοὴν πρὸς τὸν σουλτᾶνον, ταῦτα δὲ παρουσιάσας ὁ Πατριάρχης εἰς τὸν σουλτᾶνον κατώρθωσε νὰ ματαιώσῃ τὴν φοβερὰν κατὰ τῶν ἀνωτέρω περιοχῶν ἐκστρατείαν τῶν Τούρκων.
Παρὰ τὰς ἐντατικὰς καὶ θεοφιλεῖς ταύτας ἐνεργείας τοῦ θείου Γρηγορίου, Ἀρχιερεῖς τινες, ἀδικαιολογήτως διατρίβοντες ἐν Κωνσταντινουπόλει καὶ μὴ θέλοντες νὰ μεταβῶσιν εἰς τὰς ἐπαρχίας των, ἀπὸ τὰς ὁποίας μόνον τὰς ἀπολαβὰς ἐλάμβανον, χολωθέντες διότι ὁ θεῖος Γρηγόριος ὑπεχρέωσε τούτους νὰ μεταβῶσιν εἰς αὐτάς, διέβαλον τοῦτον ὡς ἄνθρωπον βίαιον καὶ ἀνίκανον πρὸς διατήρησιν τῆς ὑποταγῆς τῶν Χριστιανῶν. Ὅθεν ὁ Ἅγιος κατέστη ὕποπτος εἰς τὴν Τουρκικὴν διοίκησιν καὶ εὐθὺς μετὰ πατριαρχείαν ἑνὸς μόλις καὶ ἡμίσεος ἕτους (1797-1798), διετάχθη ὑπὸ τοῦ σουλτάνου ἡ ἐξορία τούτου εἰς Χαλκηδόνα. Τότε ὁ θεῖος Γρηγόριος ὑποβαλὼν κατὰ τύπους παραίτησιν διέμεινεν ἐπ’ ὀλίγον χρόνον εἰς τὴν Χαλκηδόνα, μετὰ δὲ ταῦτα διετάχθη νὰ μεταβῇ εἰς τὴν Δράμαν καὶ ἐν συνεχείᾳ εἰς τὴν ἐν Καλαβρύτοις Μονὴν τοῦ Μεγάλου Σπηλαίου. Πρὶν ὅμως ἢ προλάβῃ νὰ μεταβῇ ἐκεῖ ἦλθε νέα διαταγὴ διὰ τῆς ὁποίας ὡρίζετο ὡς τόπος ἐξορίας του τὸ Ἅγιον Ὄρος, ὅπου καὶ μετέβη ἐγκατασταθεὶς εἰς τὴν Μονὴν τῶν Ἰβήρων. Κατὰ τὴν ἐκεῖ παραμονήν του, διαρκέσασαν περὶ τὰ πέντε ἔτη, περιῆλθεν ὅλας τὰς Μονὰς καὶ τὰς Σκήτας τοῦ Ἁγίου Ὄρους κηρύττων συνεχῶς ἐπ’ Ἐκκλησίαις τὸν θεῖον λόγον καὶ λύων τὰς ἐνίοτε ἀναφυομένας διαφορὰς μεταξὺ τῶν Μοναχῶν καὶ τῶν Μοναστηρίων. Παρεῖχε δὲ καὶ ἑαυτὸν ὑπόδειγμα ἐναρέτου Μοναχικοῦ βίου.