Κατὰ δὲ τὰ μέσα τοῦ ἔτους ͵αωιη’ (1818), ἐπισκεφθεὶς τὸν θεῖον Γρηγόριον ὁ Ἰωάννης Φαρμάκης, ἀνήγγειλεν εἰς αὐτὸν τὰ τῆς Φιλικῆς Ἑταιρείας, περὶ τῆς ὁποίας ἔδειξεν εὐθὺς ζωηρότατον ἐνθουσιασμὸν καὶ ηὐχήθη ἀπὸ καρδίας ὑπὲρ τῆς ἐπιτυχίας τοῦ σκοποῦ ταύτης, ἠρνήθη ὅμως νὰ δώσῃ τὸν ὅρκον τοῦ Φιλικοῦ καὶ συνέστησεν εἰς τὸν Φαρμάκην νὰ προσέξωσι πολὺ οἱ ἑταῖροι, μήπως βλάψωσιν ἀντὶ νὰ ὠφελήσωσι τὴν Ἑλλάδα, θεωρῶν, ὡς ὁ Κοραῆς καὶ ὁ Καποδίστριας, πρόωρον τὴν ἄνευ προπαρασκευῆς ἐπανάστασιν.

Κατὰ τὴν ιδ’ (14ην) Δεκεμβρίου τοῦ ἔτους ͵αωιη’ (1818) παραιτηθέντος τοῦ Πατριάρχου Κυρίλλου Ϛ’, ἐξελέγη τὸ τρίτον Οἰκουμενικὸς Πατριάρχης ὁ μακάριος Γρηγόριος Ε’, ὅστις κληθεὶς ἐκ τοῦ Ἁγίου Ὄρους ἀνέλαβε τὰ καθήκοντά του τὴν ιδ’ (14ην) Ἰανουαρίου τοῦ ἔτους ͵αωιθ’ (1819) καὶ ἤρχισε πάλιν ποιμαίνων τὸ ποίμνιον αὐτοῦ μετὰ ζήλου καὶ ἀκαμάτου δραστηριότητος. Κατὰ τὴν τρίτην ταύτην Πατριαρχείαν του ἐξέδωκεν ἐγκύκλιον περὶ σχολείων, διὰ τῆς ὁποίας προέτρεπε πάντας ὅπως πλὴν τῆς ἄλλης παιδείας στραφοῦν καὶ πρὸς τὴν σπουδὴν τῆς Ἑλληνικῆς γλώσσης, ἐπειδὴ ἔμαθεν, ὅτι εἴς τινα τῶν σχολείων τῆς Ἑλλάδος οἱ μαθηταί, ἀρεσκόμενοι εἰς τὰς καινοφανεῖς ἰδέας τῆς νεωτέρας φιλοσοφίας, ἠμέλουν τὴν ἀκριβῆ ἐκμάθησιν τῆς Ἑλληνικῆς γλώσσης. Συνέστησεν ἐπίσης τὸ κληθὲν «Κιβώτιον τοῦ ἐλέους», εἰς τὸ ὁποῖον κατέβαλλον ἱκανὰ ποσὰ Ἀρχιερεῖς, μεγιστᾶνες καὶ πλούσιοι ὁμογενεῖς ὑπὲρ τῶν πτωχῶν καὶ δεινοπαθούντων Χριστιανῶν. Διωρίσθη δὲ καὶ Ἐπιτροπεία ἐπιστατοῦσα εἰς τὴν συλλογὴν τῶν ἐράνων καὶ εἰς τὴν διανομὴν αὐτῶν, εἰς τοὺς ἔχοντας ἀνάγκην βοηθείας, ἐκτάκτως μὲν ὁσάκις παρουσιάζετο τοιαύτη ἀνάγκη, τακτικῶς δὲ κατὰ τὰς παραμονὰς τῶν δύο μεγάλων ἑορτῶν τοῦ ἔτους, ἤτοι τῶν Χριστουγέννων καὶ τοῦ Πάσχα. Κατὰ τὸ ἔτος ͵αωκ’ (1820) ἀναδιωργάνωσε καὶ τὸ ὑπ’ αὐτοῦ ἱδρυθὲν πατριαρχικὸν τυπογραφεῖον, ἀλλὰ τὰ τότε ἐπακολουθήσαντα πολιτικὰ γεγονότα ἠνάγκασαν τοῦτον νὰ διακόψῃ τὴν φιλάνθρωπον καὶ χριστιανικὴν αὐτοῦ δρᾶσιν καὶ νὰ βαδίσῃ γαλήνιος καὶ ἀτάραχος, μέχρι τῆς τελευταίας στιγμῆς, τὴν ὁδὸν τοῦ μοναδικοῦ καὶ πρωτοφανοῦς αὐτοῦ Μαρτυρίου. Εἰσελθόντος τοῦ Ὑψηλάντου εἰς τὴν Μολδαυΐαν κατὰ τὴν ι’ (10ην) Φεβρουαρίου τοῦ ἔτους ͵αωκα’ (1821) ἐκλήθησαν ὑπὸ τοῦ μεγάλου βεζύρου ὁ Πατριάρχης μετὰ τοῦ διερμηνέως Δ. Μουρούζη καὶ ἠρωτήθησαν φιλικῶς, ἐὰν ἐγνώριζόν τι περὶ τῆς φημιζομένης ὡς μελλούσης νὰ ἐκραγῇ ἐν Πελοποννήσῳ Ἐπαναστάσεως, ἀμφότεροι ὅμως ἠρνήθησαν τοιοῦτον τι.