Ἐν τῷ μεταξὺ εἰς τὰ Πατριαρχεῖα, ἐξωσθέντος τοῦ θείου Γρηγορίου, διεδέχθη τοῦτον ὁ Νεόφυτος Ζ’, τὸ δεύτερον (1798-1801) [1], ἀλλὰ καὶ τούτου μετὰ δύο καὶ ἥμισυ ἔτη ἐκβληθέντος ἀνῆλθεν εἰς τὸν θρόνον ὁ Καλλίνικος Ε’ τὸ πρῶτον (1801-1806). Ἐπικρατησάσης ὅμως τότε τῆς φιλογαλλικῆς μερίδος, διότι καὶ ἐκεῖ ὑπῆρχον τότε τὰ κόμματα, ἐπαύθησαν διὰ τῶν ἐνεργειῶν τοῦ Γάλλου πρεσβευτοῦ τῷ ͵αωϛ’ (1806) ὡς ρωσόφιλοι οἱ Ἕλληνες ἡγεμόνες Μολδαβίας καὶ Βλαχίας Ἀλέξανδρος Μουρούζης καὶ Κωνσταντῖνος Ὑψηλάντης καὶ ἀντικατεστάθησαν ὑπὸ τῶν Ἀλεξάνδρου Σούτσου καὶ Σκαρλάτου Καλλιμάχου, οἵτινες προέτρεψαν τὸν ἀσθενοῦς χαρακτῆρος Πατριάρχην Καλλίνικον Ε’ νὰ παραιτηθῇ. Οὗτος ὑπέβαλε παραίτησιν τὴν κβ’ (22αν) Σεπτεμβρίου ͵αωϛ’ (1806), κατὰ δὲ τὴν κδ’ (24ην) τοῦ αὐτοῦ μηνὸς ἐν γενικῇ συνελεύσει τῶν Ἀρχιερέων καὶ ἐπὶ παρουσίᾳ τοῦ μεγάλου διερμηνέως Ἀλεξάνδρου Χατζερῆ, τοῦ μεγάλου λογοθέτου Ἀλεξάνδρου Μάνου καὶ ἀντιπροσώπων τῶν λαϊκῶν ὀργανώσεων ἐξελέγη ὁμοφώνως ὑπὸ τῆς Ἱερᾶς Συνόδου Πατριάρχης τὸ δεύτερον ὁ θεῖος Γρηγόριος Ε’, ὅστις ἐπανελθὼν κατὰ τὴν ιη’ (18ην) Ὀκτωβρίου τοῦ ͵αωϛ’ (1806) εἰς Κωνσταντινούπολιν ἐγένετο ἐνθουσιωδῶς δεκτὸς ὑπὸ παντὸς τοῦ Κλήρου καὶ τοῦ λαοῦ τῆς πόλεως.

Κατὰ τὴν δευτέραν πατριαρχείαν του ὁ θεῖος Γρηγόριος ἐξηκολούθησε τὴν προτέραν ἐκκλησιαστικὴν καὶ ἐθνικὴν αὐτοῦ δρᾶσιν. Παρεκάλεσε δὲ τοὺς Ἀρχιερεῖς, ἵνα συνέρχωνται προθύμως εἰς τὰς τεταγμένας συνεδριάσεις τῆς Ἱερᾶς Συνόδου, ἂν δέ τινες ἐμποδισθῶσι, νὰ ἀποστέλλωσιν ἐγγράφως τὰς γνώμας αὐτῶν. Δι’ ἐγκυκλίων πάλιν πρὸς πόλεις καὶ χώρας προέτρεπε τὴν σύστασιν σχολείων καὶ βελτίωσιν τῶν ὑπαρχόντων, δι’ ἑτέρων δὲ πρὸς τοὺς Ἀρχιερεῖς καὶ τοὺς Καθηγουμένους τῶν Μοναστηρίων ἐπρόστασσε τὴν ἐκπλήρωσιν διαφόρων ἐκκλησιαστικῶν καθηκόντων, ἀπηγόρευσε δὲ δι’ ἀποφάσεως τῆς Ἱερᾶς Συνόδου τὴν ἐπὶ ψιλῷ ὀνόματι χειροτονίαν Ἀρχιερέων (τιτουλαρίων) καὶ ἔλυσε μετὰ τῶν Συνοδικῶν τὸν ἀπὸ τοῦ ἔτους ͵αψξζ’ (1767) ἐκδιδόμενον ἀφορισμὸν κατὰ τῶν τραχωμάτων, ὡς ἐλέγοντο τότε αἱ κατὰ τὰ συνοικέσια διδόμεναι εἰς τὸν γαμβρὸν παρὰ τῆς νύμφης χρηματικαὶ ἐπιδόσεις. Ἐπειδὴ δέ τινες τῶν νεωστὶ χειροτονουμένων Ἀρχιερέων ἐδανείζοντο χρήματα, ἐθέσπισεν, ὅτι τὰ τοιαῦτα δάνεια δὲν ἀναγνωρίζονται ὑπὸ τῆς Ἐκκλησίας, ἄν τις ἐκ τῶν Ἀρχιερέων τούτων ἀποθάνῃ, ἅπαντα δὲ τὰ ὑπὸ ἀποθανόντος καταλειφθέντα πράγματα θὰ ἀνήκωσιν εἰς τὴν Ἐκκλησίαν, τὴν ὁποίαν ἐποίμαινεν ὁ ἀποθανών.