Ἐκτὸς ὅμως ὅλων τούτων καὶ ἡ αἰχμαλωσία πολλῶν ἐπιφανῶν Χριστιανῶν, ὅπως διδάξωσι τὴν μεταξουργίαν εἰς τοὺς Νορμαννούς, ἀφῆκε τὴν πόλιν ἔρημον ἀνθρώπων, ἂν καὶ πρότερον αὕτη ἦτο πρωτεύουσα τῆς Ἑλλάδος. Ἡ Ἐκκλησία τῆς Κωνσταντινουπόλεως, μὴ λαβοῦσα τὸ πρᾶγμα ὑπὸ σοβαρὰν ἔποψιν, ἀπέστειλε μετά τινα χρόνον Μητροπολίτην τινά, ὅστις ὅμως ἀπέθανε καθ’ ὁδόν. Ὁ αἰφνίδιος τούτου θάνατος ἀνηγγέλθη εἰς Θήβας, οἱ δὲ κάτοικοι ἔπεμψαν πρεσβείαν πρὸς τὸ Πατριαρχεῖον Κωνσταντινουπόλεως πρὸς προχείρισιν καὶ ἀποστολὴν νέου Μητροπολίτου. Τοῦτο ἐγένετο ἀμέσως, διότι παρ’ ὅλην τὴν ἐρήμωσιν τῆς πόλεως τῶν Θηβῶν, αἱ ἄλλαι πόλεις δὲν ἔπαυον ἀναμένουσαι τὴν ἐκεῖ μετάβασιν ἀνδρὸς ἐπιφανοῦς. Ὡς δὲ προηγουμένως εἴπομεν, ὁ Μητροπολίτης Θηβῶν ἦτο καὶ Ἔξαρχος πάσης Βοιωτίας, τῆς ὁποίας αἱ πόλεις τότε ἤκμαζον. Διὰ τοῦτο καὶ ὡς Ἔξαρχος ἐπεβάλλετο καὶ ἐπὶ τῶν πόλεων ὁλοκλήρου τοῦ θέματος τῆς Στερεᾶς Ἑλλάδος.
Ὡς καταλληλότατος λοιπὸν διὰ τὴν ἕδραν πάσης Βοιωτίας ἐκρίθη ὁ εὐλογημένος οὗτος Ἰωάννης, ὅστις ἐμόναζε τότε εἰς Μονὴν τῆς Κωνσταντινουπόλεως. Τοῦτο πληροφορηθεὶς ὁ θεῖος Ἰωάννης ἠθέλησεν, ὅπως μὴ ἀποδεχθῇ τὴν ἐκλογήν του ταύτην. Ἐνθυμηθεὶς ὅμως, ὅτι εἶχε κληθῆ ὑπ’ αὐτῆς τῆς Θεοτόκου Προστάτης τῶν Θηβῶν, ἔσπευσε πρὸς ἐκπλήρωσιν τῆς ἀνατεθείσης εἰς αὐτὸν ἐντολῆς. Ἡ ἀναγγελία τῆς χειροτονίας τοῦ θείου Ἰωάννου ὡς Μητροπολίτου Θηβῶν, ἀκουσθεῖσα εἰς Θήβας, ἐνεποίησε χαρὰν μεγάλην, διότι ἦτο γνωστὴ ἡ δραστηριότης αὐτοῦ, ὁ δὲ ὀλίγος χρόνος ὁ μεσολαβήσας ἀπὸ τῆς χειροτονίας μέχρι τῆς μεταβάσεως αὐτοῦ εἰς Βοιωτίαν ἦτο ἱκανὸς ἵνα πολλὰ διὰ τῆς ταχυπτέρου φήμης μεταφερθῶσιν ἐκεῖ. Ὡς ἐκ τούτου, ὅταν οἱ Θηβαῖοι ἐπληροφορήθησαν τὴν ἔλευσίν του, ἔσπευσαν πάντες πρὸς ὑποδοχὴν αὐτοῦ σὺν γυναιξὶ καὶ τέκνοις.
Ὡς πρότερον εἴπομεν, οἱ ἐπιδραμόντες Νορμαννοὶ εἶχον ἤδη διαρπάσει ὄχι μόνον τὰς οἰκίας καὶ τους θησαυροὺς τῶν ἰδιωτῶν, ἀλλ’ εἶχον θέσει τὴν μιαρὰν αὐτῶν χεῖρα καὶ ἐπ’ αὐτὰ τὰ ἱερά, εἶχον γυμνώσει τοὺς Ναοὺς καὶ εἶχον ἁρπάσει τὰς ἁγίας αὐτῶν Εἰκόνας. Τὰ συμβάντα δὲ ταῦτα καὶ ὁ σύγχρονος περίπου θάνατος τοῦ τε προκατόχου Μητροπολίτου καὶ τοῦ διαδεχθέντος αὐτόν, ὡς καὶ ἡ αἰχμαλωσία τῶν ἐπιφανῶν εἶχε ρίψει τοὺς εὐσεβεῖς εἰς κυκεῶνα τῶν φρενῶν. Ταὐτοχρόνως μάλιστα μετῴκησαν εἰς Θήβας ἐκ πλησιοχώρων πόλεων Ἑβραῖοι κερδοσκόποι, οἵτινες δι’ ὀλίγων χρημάτων ἐπεσκεύασαν τὰ διαρπαγέντα ἐργοστάσια καὶ ἀνέλαβον νὰ ἐπαναφέρωσι τὴν μεταξουργίαν εἰς τὴν προτέραν αὐτῆς ἀκμήν, προσλαβόντες Χριστιανοὺς ἐργάτας.