Ἐνῷ δὲ ταῦτα ἔλεγεν αὕτη, αἴφνης κρότος καὶ θόρυβος ἠκούσθη πολὺς καὶ οἱ ἐκκλησιαζόμενοι πάντες ἀμέσως ἐξῆλθον τοῦ Ναοῦ καὶ εἶδον πράγματι ὅτι ὅλη ἡ στέγη τῆς Σχολῆς κατέπεσε. Δραμόντες δὲ πάντες μετὰ θρήνων καὶ κλαυθμῶν καὶ ἀνεγείραντες τὴν καταπεσοῦσαν βαρεῖαν στέγην, ἐξέβαλον τοὺς ὑπ’ αὐτὴν ταφέντας ὑπὲρ τοὺς εἴκοσι μαθητὰς ζῶντας, ὤ τοῦ θαύματος! καὶ ὅλως ὑγιεῖς. Ἐρωτήσαντες δὲ τοὺς μαθητὰς πῶς τοῦτο ἐγένετο, ἀπεκρίθησαν οὗτοι ταῦτα· «Αἴφνης ἀκούσαντες τὸν σφοδρὸν τριγμὸν τῶν δοκῶν τῆς στέγης καὶ ἰδόντες τὸν ἐπικείμενον δι’ ἡμᾶς κίνδυνον πάντες, ὡς ἐκ συνθήματος καὶ ὡς ὑπ’ ἀοράτου χειρὸς ὁδηγούμενοι, κατήλθομεν ἐν μιᾷ στιγμῇ ὑπὸ τὰ θρανία ἐν φόβῳ καὶ τρόμῳ. Πεσούσης τότε ἐν βοῇ τῆς στέγης, αἱ μὲν δοκοὶ ταύτης ἐστηρίχθησαν ἐπὶ τῶν ἀδυνάτων θρανίων, ἡμεῖς δὲ μείναντες ὑπὸ ταῦτα ἀβλαβεῖς παρ’ ἐλπίδα διεφυλάχθημεν». Καὶ οὕτω, Χάριτι Θεοῦ καὶ δι’ ἀοράτου ἐπιστασίας τοῦ Ὁσίου Πατρὸς ἡμῶν Ἰωάννου, ἐσώθησαν τότε τόσα ἀθῷα πλάσματα.
Κατὰ δὲ τὸ ἔτος ͵αωοδ’ (1874), δωδεκαετὲς κοράσιον ἐκ τῆς γενεᾶς τοῦ ἱππάρχου ἐκείνου, ὅστις διετέλεσεν αὐθέντης τοῦ Ἁγίου, ἐγένετο αἴφνης ἄφαντον. Οἱ δὲ γονεῖς αὐτοῦ, ζητοῦντες αὐτό, οὐδαμοῦ εὗρον. Τέλος κατέφυγον πρὸς τὸν Ἅγιον, δεόμενοι ὅπως ἀποκαλύψῃ εἰς αὐτοὺς τὶ ἐγένετο τὸ θυγάτριον αὐτῶν. Ὁ δὲ Ἅγιος, ἐμφανισθεὶς κατ’ ὄναρ εἰς τὴν μητέρα τοῦ κορασίου, ἀπεκάλυψεν, ὅτι ἡ δεῖνα πτωχὴ γυνὴ ἐκ τῶν ὁμοεθνῶν της, εἰπὼν καὶ τὸ ὄνομα αὐτῆς, προσκαλέσασα χθὲς τὸ ἑσπέρας τὸ κοράσιον εἰς τὴν οἰκίαν αὐτῆς, ἀφῄρεσε πρῶτον τὰ χρυσᾶ ἐνώτια (σκουλαρίκια) καὶ τὰ λοιπὰ πολύτιμα κοσμήματα αὐτοῦ. Κατόπιν ἔπνιξεν αὐτὸ καὶ ἔκρυψε τὸ πτῶμα αὐτοῦ εἰς τὴν καπνοδόχον τῆς οἰκίας της. Ἐγερθεῖσα τότε ἡ γυνὴ ἐκείνη τῆς κλίνης καὶ δραμοῦσα μετὰ τοῦ συζύγου της καὶ τῶν λοιπῶν τῶν ἐν τῷ οἴκῳ εἰς τὴν παρὰ τοῦ Ἁγίου ὑποδειχθεῖσαν οἰκίαν, εὗρον τὸ πτῶμα τῆς θυγατρὸς αὐτῶν εἰς τὸν ὑποδειχθέντα τόπον. Ἡ δὲ δολοφόνος συλληφθεῖσα ἐτιμωρήθη δεόντως παρὰ τῶν Ἀρχῶν. Μεταξὺ δὲ τῶν ἄλλων πολλῶν θαυμάτων τὰ ὁποῖα ἐτέλεσεν ὁ Ἅγιος ἀναφέρονται καὶ τὰ ἑξῆς:
Μοναχὸς ἐξ Ἁγίου Ὄρους, μεταβὰς εἰς προσκύνησιν τοῦ ἁγίου Λειψάνου τοῦ Ὁσίου καὶ ἐπιστρέφων, ἐσώθη ἐκ τῆς ἐπιδρομῆς λῃστῶν τῇ ἐπεμβάσει τοῦ Ἁγίου, ὅστις ἐνεφανίσθη ἐκ τοῦ μακρόθεν καὶ προειδοποίησε τοῦτον περὶ τοῦ ἐπαπειλοῦντος αὐτὸν κινδύνου.