Μετὰ τὴν προσκύνησιν ὡδήγησαν αὐτὸν εἰς τὴν συνοικίαν ὅπου ἦτο καὶ τὸ κελλίον του καὶ ὅπου, ἀφοῦ ἐγονάτισε καὶ προσηύχετο, ἐπρόσμενε τὴν ἀποτομήν. Ὁ δὲ δήμιος, μὲ γυμνὴν τὴν σπάθην, ἠπείλει αὐτὸν καὶ κατόπιν τὸν παρεκίνει μὲ συμπάθειαν νὰ μετανοήσῃ. Ἀλλὰ μὴ δυνηθεὶς νὰ μεταβάλῃ τὴν γνώμην του ἀπέτεμε τὴν ἱερὰν αὐτοῦ κεφαλὴν διὰ δύο κτυπημάτων.
Οὕτως ἐτελείωσεν ὁ Ἱερομάρτυς Ζαχαρίας τὸν καλὸν ἀγῶνα τοῦ Μαρτυρίου καὶ ἐδόξασε τὸν Θεον διὰ τοῦ μαρτυρικοῦ του θανάτου, κοινὴ δὲ χαρὰ ἐγένετο ἐν τῷ οὐρανῷ καὶ ἐν τῇ γῇ, μόνος δὲ ὁ προστάτης τοῦ σκότους ἐστέναξε τότε καὶ οἱ ὑπηρέται τούτου Ἀγαρηνοί. Ἀπετμήθη δὲ τὴν κεφαλὴν ἐν ἔτει ἀπὸ Χριστοῦ ͵αωβ’ (1802) κη’ (28ην) τοῦ μηνὸς Μαΐου εἰς ἡλικίαν ἐτῶν τριάνοντα ὀκτώ, ὡς εἶπον οἱ συγγενεῖς του. Συνέδραμον δὲ ἵνα ἴδωσι τὸν Ἅγιον Μάρτυρα ὄχι μόνον τὸ πλῆθος τῶν Χριστιανῶν, ἀλλὰ καὶ ἅπαντες οἱ ἐν τῇ Προύσῃ εὑρισκόμενοι ἀλλόφυλοι. Οἱ δὲ Χριστιανοὶ ὥρμησαν ἐνθουσιῶντες καὶ ὄχι μόνον τὰ ἅγια τοῦ Μάρτυρος αἵματα εὐλαβῶν ἀπεσπόγγισαν, ἀλλὰ καὶ τὰ χώματα, ὅπου ἤγγισε τὸ ἅγιον αὑτοῦ Λείψανον, συνέλεξαν πρὸς ἁγιασμόν των.
Ἀπόφασις ἦτο παρὰ τοῦ κριτοῦ καὶ τῶν ἀξιωματικῶν νὰ μείνῃ τὸ μαρτυρικὸν Λείψανον ἐπὶ τρία ἡμερονύκτια εἰς τὸν τόπον τῆς καταδίκης. Ἀλλὰ τὶ συνέβη; Φῶς θεῖον κατῆλθεν οὐρανόθεν, εὐθὺς τὴν πρώτην νύκτα, καὶ ἐφώτιζε τὸ μαρτυρικὸν σῶμα, πρὸς θαυμασμὸν καὶ ἔκπληξιν τῶν γειτόνων Ἀγαρηνῶν. Φόβος δὲ μέγας κατέλαβε τούτους καὶ δὲν ἠδύναντο νὰ κοιμηθοῦν. Τὴν πρωΐαν ἔτρεξαν εἰς τὸν κριτὴν καὶ διηγήθησαν τὸ φοβερὸν ἐκεῖνο συμβὰν τῆς νυκτὸς καὶ ἐζήτησαν τὴν ἄδειαν νὰ ἐγερθῇ ἐκεῖθεν ὁ νεκρός. Ἐκεῖνος ὅμως δὲν συγκατετέθη. Καὶ ὅταν ἦλθεν ἡ δευτέρα νύξ, πάλιν τὰ αὐτὰ συνέβησαν. Τὴν πρωΐαν ἔτρεξαν πάλιν μὲ μανίαν μεγάλην καὶ ἐφώναζαν πρὸς τὸν κριτήν· «Ἢ δίδεις ἄδειαν νὰ ἀπομακρυνθῇ ἐκεῖθεν ὁ νεκρὸς ἤ ἀνάπτομεν πυρκαϊὰν καὶ σὲ καίομεν». Ὅθεν, μὴ δυνάμενος νὰ ἀντεπεξέλθῃ εἰς τὴν ὁρμήν των, ἔδωκεν ἄδειαν νὰ μεταφερθῇ τὸ ἅγιον Λείψανον τὴν δευτέραν ἡμέραν. Τότε οἱ Χριστιανοὶ ἔδωσαν εἰς τοὺς Ἀρμενίους χρήματα καὶ ἀγοράσαντες αὐτὸ ἀντὶ πεντακοσίων γροσίων, τὸ ἔθαψαν ἔξω τῆς πόλεως.