Διὰ τὰς ἀρετάς του ταύτας ἐκλήθη ὁ Ὅσιος Νικηφόρος εἰς τὴν ἡγουμενίαν τῆς Μονῆς, περὶ τὸ 1802 ἔτος, ὡς ἀκτήμων ἀσκητικὸς καὶ πάσης ἐμπιστοσύνης ἄξιος, νὰ ποιμάνῃ τὰ λογικὰ τοῦ Χριστοῦ πρόβατα εἰς νομὰς σωτηρίους. Ἡ ἡγουμενία τότε δὲν ἦτο εὐχερές τι διακόνημα, μάλιστα δι’ ἄνθρωπον ταπεινόν, ὡς ἦτο ὁ Νικηφόρος, καὶ μὴ οἰκεῖον πρὸς τοιαύτας ἀσχολίας, φιλερημότατον δὲ καὶ μελετηρότατον. Ὅμως ἐπεμελήθη μετὰ ζήλου τὰ συμφέροντα τῆς Μονῆς διὰ τῆς μετριόφρονος καὶ λελογισμένης του κρίσεως. Τὸ δὲ σπουδαιότερον, προσέφερε τὴν ὄχι ὀλιγώτερον ἀναγκαίαν εἰς τὴν Μονὴν ὑπηρεσίαν, τῆς ἐνισχύσεως τοῦ ἀσκητικοῦ φρονήματος τῶν ἐν αὐτῇ ἀσκουμένων Μοναχῶν, παρέχων αὐτὸς πρῶτος τὸ ζηλευτὸν παράδειγμα.
Ἐπεμελήθη δὲ ὁ Ὅσιος τῆς τακτικῆς διδασκαλίας τῶν Μοναχῶν διδάσκων εἰς τούτους τὰ τῆς ἀρετῆς καὶ δικαιοσύνης ἔργα, ἅτινα καὶ οὗτος ἔπραττε καὶ ἐτελειοποίει, ὡς μαρτυρεῖ ὁ ὅλος αὐτοῦ βίος. Μοχθῶν ὅμως καὶ ἐγκαρτερῶν εἰς ξένας πρὸς αὐτὸν ἁσχολίας, καταβληθεὶς δὲ πρὸ πάντων ὑπὸ τῆς ἀγνωμοσύνης τῶν περὶ αὐτὸν καὶ τῶν ὑπ’ αὑτὸν ἀπέκαμε καὶ ἀπεσύρθη ἐκ τῆς ἡγουμενίας καὶ ἀνεχώρησεν εἰς τόπον ἥσυχον, Ρεστὰ καλούμενον. Διότι ὁ Ὅσιος Πατὴρ ἡμῶν Νικηφόρος ἦτο τελείως ξένος πρὸς τὰς πανουργίας καὶ τὰς φιλονικίας καὶ ἄτρωτος ὑπ’ αὐτῶν, ἀληθὴς δὲ ἐν Χριστῷ φιλόσοφος, ὀλίγον ἐνδιαφερόμενος διὰ τὰ ἐγκόσμια. Μὴ δυνάμενος ὅμως νὰ διοικήσῃ ἐντὸς θυέλλης, παθῶν τὸ πλοῖον τῆς ἰδίας αὐτοῦ ἀρετῆς, κατέφυγε πάλιν πλησίστιος εἰς τὴν εὐλίμενον ἀρετήν, ὡς γνώριμος καὶ ζηλωτὴς τοῦ Ἁγίου Μακαρίου τοῦ Νοταρᾶ, ὡς μαθητὴς καὶ μιμητὴς καὶ ὀπαδὸς τοῦ φιλοχρίστου διδασκάλου Ἀθανασίου τοῦ Παρίου καὶ τούτων ὁμόζηλος, καταφρονῶν δὲ ὡς μάταια καὶ πρόσκαιρα τὰ ἐγκόσμια, μικρὸν φροντίζων περὶ τῆς τούτων τοιαύτης ἢ τοιαύτης φορᾶς, διάγων βίον λιτὸν καὶ ἀπράγμονα, οὐδ’ ἀγρόν, ἢ ὑποζύγιον ἴδιον κεκτημένος».
Ἦτο λοιπὸν στάδιον διακρίσεως διὰ τὸν Ὅσιον Νικηφόρον ἡ ἡγουμενία ἢ ἡ ἐκ ταύτης ἀποχώρησις; Βεβαίως ἡ ἐκ ταύτης ἀποχώρησις, ἀφοῦ, ὡς λέγει καὶ ὁ ἴδιος, ἦτο «ζηλωτὴς τῶν λογίων» καὶ ἀποτυχὼν εἰς τὸ νὰ διοικῇ Μοναχούς, δὲν ἀπέτυχεν, ἀλλὰ καὶ μάλιστα ἠρίστευσεν εἰς τὸν ἴδιον αὐτοῦ βίον καὶ εἰς τὸ νὰ χειραγωγῇ εἰς ἀρετὴν πλείστας ψυχὰς ἀκόμη καὶ μετὰ θάνατον. Ὀλίγον ἂν ἀνατρέξωμεν τὴν ἱστορίαν θὰ εὕρωμεν ταύτην πλουσίαν εἰς τοιαῦτα παραδείγματα.