Ἔμεινε λοιπὸν μόνος ὁ ἀδελφὸς ἐκεῖνος, βοῶν καὶ στενάζων. Εἰς μίαν στιγμὴν ἐφάνη ὁ Ὅσιος Νεῖλος εἰς σχῆμα Μοναχοῦ, ὅστις τὸν ἠρώτα τὶ ἔχει, τὶ ἐζήτει ἐκεῖ καὶ τὶ τοῦ συνέβη. Ὁ δὲ ἀδελφὸς διηγήθη τὸν σκοπὸν δι’ ὃν ἦλθον καὶ τὸ συμβάν. Τοῦ λέγει τότε ὁ Ἅγιος· «Καὶ πῶς ἐτόλμησες, πτωχέ, χωρὶς τὴν βουλὴν τοῦ Ἁγίου νὰ ἐπιχειρήσῃς τοιοῦτον ἐπικίνδυνον ἔργον; Ἀλλ’ ἰδοὺ ὅτι ὁ Ἅγιος σὲ θεραπεύει. Πρόσεχε δὲ εἰς τὸ ἑξῆς, χωρὶς τὸ θεῖον θέλημα νὰ μὴ ἀποτολμᾷς ἔργον ὑπὲρ τὴν δύναμίν σου». Ὁμοῦ τότε μὲ τὸν λόγον ἤγγισε τὸ συντριβὲν σκέλος τοῦ ἀδελφοῦ καὶ εὐθὺς οὗτος ἐθεραπεύθη, ὁ δὲ Ἅγιος ἔγινεν ἄφαντος. Πλησθεὶς δὲ χαρᾶς ὁ ἀδελφός, ἐξεκίνησε πρὸς τὸ κελλίον του. Καθ’ ὁδὸν συνήντησε τὸν ἕτερον Μοναχόν, ὅστις ἤρχετο ὁδηγῶν τὸν ἡμίονον, ἐκεῖνος δέ, ὡς τὸν εἶδεν ὑγιᾶ, ἔμεινεν ἐκστατικός. Ἐδόξασαν λοιπὸν τὸν Θεὸν ἀμφότεροι καὶ ηὐχαρίστησαν μεγάλως τὸν Ἅγιον. Ἔκτοτε οὐδεὶς ἄλλος ἐτόλμησε νὰ ἐπιχειρήσῃ τοιοῦτόν τι.

Κατὰ δὲ τὸ ἔτος ͵αωιε’ (1815), Μοναχός τις καλούμενος Αἰχμάλωτος, ἔπασχεν ἀπὸ δαιμόνιον χαλεπὸν καὶ σπάσιμον εἰς τὰ δίδυμα. Τοῦτον ἐθεράπευσεν ὁ Ἅγιος Νεῖλος, ἔδειξε δὲ εἰς αὐτὸν καὶ πολλὰς ὀπτασίας προειπὼν εἰς αὐτὸν καὶ τὰ μέλλοντα νὰ συμβῶσι, τοὺς κινδύνους δηλαδὴ εἰς τοὺς ὁποίους ἔμελλε νὰ ὑποπέσῃ τὸ Ἅγιον Ὄρος, τὴν ἐπανάστασιν, ἥτις ἐξερράγη, τὴν ἐπίθεσιν τῶν Ἀγαρηνῶν καὶ ἄλλα πολλὰ προεφήτευσε, τὰ ὁποῖα σῴζονται γεγραμμένα εἰς βιβλίον. Τοῦτον προσέταξεν ὁ Ἅγιος Νεῖλος νὰ διορθώσῃ τὴν ὁδὸν τοῦ σπηλαίου, διὰ νὰ μεταβαίνουν οἱ ἀδελφοὶ νὰ προσκυνῶσι πρὸς ψυχικήν των ὠφέλειαν καὶ νὰ λειτουργῆται ἡ Ἐκκλησία αὐτοῦ, τὴν ὁποίαν μόνος ἔκτισεν ὅταν ἕζη ἐκεῖ εἰς τὸ σπήλαιον.

Ἀκούσαντες λοιπὸν οἱ Πατέρες τοῦτο συνέδραμον, καθαρίσαντες δὲ τὸν τόπον ἠθέλησαν νὰ κτίσουν καὶ νέαν Ἐκκλησίαν ἐπ’ ὀνόματι τοῦ Ἁγίου. Ἐνῷ δὲ ἔσκαπτον τὰ θεμέλια εὑρέθη ὁ τάφος τοῦ Ἁγίου καὶ τὰ πάνσεπτα Λείψανα αὐτοῦ, εὐωδίαν ἄρρητον ἀναδίδοντα κατὰ τὸ ἔτος ͵αωιε’ (1815), Μαΐου ζ’ (7ῃ), ὁπότε καὶ καθωρίσθη νὰ ἑορτάζεται καὶ ἡ μνήμη του. Ἐπλήσθησαν λοιπὸν τότε χαρᾶς ἀπείρου καὶ ἀφοῦ εἰδοποίησαν εἰς τὴν Λαύραν, ἦλθον οἱ Πατέρες μὲ λαμπάδας καὶ θυμιάματα καὶ μετεκόμισαν τὰ Λείψανα τοῦ Ἁγίου εἰς τὴν Λαύραν, ἀφήσαντες τὴν σιαγόνα μόνον εἰς τὸ κελλίον πρὸς ἁγιασμὸν τῶν προσερχομένων. Πολλὰ δὲ θαύματα ἔγιναν τότε εἰς πολλοὺς κατὰ τὴν ἀνακομιδὴν τῶν ἱερῶν Λειψάνων καὶ πολλοί, οἵτινες ἔλαβον μέρος ἐξ αὐτῶν, ἰάθησαν ἐκ διαφόρων ἀσθενειῶν. Τὸν δὲ τάφον τοῦ Ἁγίου ἐκαλλώπισαν ὄπισθεν τοῦ Ἁγίου Βήματος, ὡς φαίνεται σήμερον.