Ηὐχαρίστει συνεχῶς τοὺς ἀδελφοὺς διὰ τὴν ἀγάπην καὶ τοὺς κόπους, εἰς τοὺς ὁποίους εἶχον ὑποβληθῆ καὶ ὑπεβάλλοντο δι’ αὐτόν. Κρατῶν δὲ εἰς τὰς ὁσίας χεῖράς του τὰ τίμια λείψανα τοῦ Ἁγίου Μακαρίου Κορίνθου καὶ τοῦ Ὁσίου Ἱερομονάχου Παρθενίου Σκούρτα ἐψιθύριζε: «Σεῖς ἤλθετε εἰς τὸν οὐρανὸν καὶ ἀναπαύεσθε διὰ τὰς ἀρετὰς ὅπου ἐκατορθώσατε εἰς τὴν γῆν, καὶ ἤδη κατατρυφᾶτε τὴν δόξαν τοῦ Κυρίου μας, καὶ ἐγὼ πάσχω ἐξ ἁμαρτιῶν μου. Διό, παρακαλῶ σας, Πατέρες μου, ἱκετεύσατε τὸν Κύριόν μας, νὰ ἐλεήσῃ καὶ ἐμὲ καὶ νὰ μὲ ἀξιώσῃ αὐτοῦ, ὅπου εἶσθε σεῖς».
Τοιουτοτρόπως διῆλθεν ὁλόκληρον τὴν ἡμέραν. Τὴν νύκτα ἐβάρυνε περισσότερον. Ἐζήτησε καὶ ἐκοινώνησε πάλιν. Ἐσταύρωσε τότε τὰς χεῖρας, ἥπλωσε τοὺς πόδας, ἠρέμησε πλήρως, καὶ συνεχῶς προσηύχετο, εἰς ἐρώτησιν δὲ τῶν παρισταμένων ἀδελφῶν: «διδάσκαλε, ἡσυχάζεις;» ἐκεῖνος ἠρέμα ἀπήντησε: «Τὸν Χριστὸν ἔβαλα μέσα μου, καὶ πῶς νὰ μὴ ἡσυχάσω;».
Περιστοιχιζόμενος ὑπὸ ἀγαπητῶν ἀδελφῶν, τὸν Κύριον ἡμῶν καὶ τὰ οὐράνια ἀγαθὰ συνεχῶς φανταζόμενος, καὶ ἐν ὑπερτάτῃ γαλήνῃ, τῇ 14ῃ Ἰουλίου, ἡμέρᾳ Τετάρτῃ τοῦ ἔτους 1809, ἐν ἡλικίᾳ 60 ἐτῶν, παρέδωκε τὴν μακαρίαν αὐτοῦ ψυχὴν εἰς χεῖρας Θεοῦ ζῶντος, τὸν ὁποῖον ἐκ νεότητος ἠγάπησε καὶ Αὐτῷ ἑαυτὸν ἀφιέρωσε. Καί, ὅπως πάλιν ἱστορεῖ ὁ Εὐθύμιος, «ἀνατέλλοντος τοῦ ἡλίου εἰς τὴν γῆν, ἐβασίλευσεν ὁ νοητὸς ἥλιος τῆς Ἐκκλησίας τοῦ Χριστοῦ. Ἔλειψεν ὁ στῦλος ὁ ὁδηγῶν τὸν νέον Ἰσραὴλ εἰς τὴν εὐσέβειαν, ἐκρύφθη ἡ νεφέλη ἡ δροσίζουσα τοὺς τηκομένους τῷ καύσωνι τῶν ἁμαρτιῶν, ἐπένθησαν οἱ φίλοι καὶ ὅλοι οἱ Χριστιανοί, ἐκ τῶν ὁποίων εἷς Χριστιανός, ἂν καὶ ἀγράμματος, εἶπε τοιοῦτον λόγον: «Πατέρες μου, καλλίτερον ἦτο νὰ ἀπέθνησκον σήμερα χίλιοι Χριστιανοὶ καὶ ὄχι ὁ Νικόδημος».
Τὸ πανόλβιον σῶμα τοῦ θεοφόρου Πατρὸς καὶ Ἁγίου διδασκάλου ἐτάφη εἰς τὸ ἐν Καρυαῖς Λαυριωτικὸν Κελλίον τῶν Σκουρταίων, ἔνθα ὁσίως ἐκοιμήθη. Ἐνταῦθα, ἐν τῷ αὐτῷ κελλίῳ φυλάσσεται ἤδη εὐλαβῶς ἡ τιμία κάρα του, θείαν εὐωδίαν ἁγιότητος ἀποπνέουσα καὶ ἁγιάζουσα τοὺς μετὰ πίστεως προσκυνοῦντας αὐτήν.
Μεγάλως ἐλύπησε τοὺς πάντας ὁ θάνατος τοῦ Ἁγίου Νικοδήμου, τόσον τοὺς ἐν Ἁγίῳ Ὄρει Μοναχούς, ὅσον καὶ τοὺς ἐν τῷ κόσμῳ εὐσεβεῖς Χριστιανούς, καὶ πάντες ἐθρήνησαν τὴν μετάστασιν αὐτοῦ, διότι ἦτο κοινὸς ἁπάντων διδάσκαλος καὶ παρήγορος, καὶ μάλιστα κατὰ τοὺς χαλεποὺς καὶ ζοφεροὺς τῆς δουλείας χρόνους.