Δυστυχῶς ὅμως τὰ πολύτιμα αὐτὰ χειρόγραφα ἀπωλέσθησαν. Διότι τὸ τυπογραφεῖον αὐτὸ κατεστράφη καὶ διηρπάγη ὑπὸ τῶν Αὐστριακῶν, ἐξ αἰτίας μερικῶν ἐπαναστατικῶν προκηρύξεων, κατ’ ἄλλους μὲν τοῦ Ρήγα τοῦ Φεραίου, κατ’ ἄλλους δὲ τοῦ Ναπολέοντος, πρὸς Ἕλληνας, αἱ ὁποῖαι εἶχον τυπωθῆ ἐκεῖ. Μεταξὺ τῶν διαρπαγέντων ὑπὸ τῆς ἐξουσίας καὶ κατακρατηθέντων ἀντικειμένων ἦσαν καὶ τὰ χειρόγραφα τοῦ Ὁσίου Νικοδήμου. Ὅταν δὲ ὁ ἐν Θεσσαλονίκῃ πρόκριτος Νάνος Καυτάτζογλου ἔμαθε παρὰ τῶν ἐν Βιέννῃ ὁμογενῶν τὴν ἀπώλειαν τῶν ἱερῶν αὐτῶν συγγραμμάτων, τὴν κατέστησε γνωστὴν εἰς τὸν θεῖον Νικόδημον, ὁ ὁποῖος «κλαίων καὶ ὀδυρόμενος», ὡς λέγει ὁ «παραδελφός» του Εὐθύμιος, «δὲν ἠθέλησε νὰ σταθῇ μίαν ὥραν εἰς τὴν καλύβαν του». Ἀπῆλθε δὲ εἰς τὸ κελλίον τῶν λίαν ἀγαπητῶν του ἀδελφῶν Σκουρταίων, διὰ νὰ εὕρῃ παρ’ αὐτῶν παρηγορίαν. Τοσοῦτον ἐλυπήθη ὁ μακάριος διὰ τὴν ἀπώλειαν τῶν ἐν λόγῳ θαυμαστῶν αὐτῶν συγγραμμάτων, ἀναλογιζόμενος οἵου καλοῦ θὰ ἐστεροῦντο οἱ εὐσεβεῖς Χριστιανοί.
Μετὰ ταῦτα ἦλθεν εἰς Ἅγιον Ὄρος ὁ διδάσκαλος Ἱερομόναχος Ἀγάπιος ἐκ Δημητσάνης Πελοποννήσου, μετὰ τοῦ ὁποίου συμφωνήσας ὁ θεῖος Νικόδημος, ἀποβλέπων ἐξ ὁλοκλήρου εἰς τὴν ὠφέλειαν τοῦ πλησίον, ἤρχισε τὴν ἐργασίαν διὰ τὴν συστηματικὴν κατάταξιν καὶ ἑρμηνείαν τῶν ἱερῶν τῆς Ἐκκλησίας Κανόνων, ἀπαραίτητον πρὸς ὁδηγίαν καὶ φωτισμὸν τῶν ἱερωμένων ἀλλὰ καὶ παντὸς εὐσεβοῦς. Τὸ πολύτιμον αὐτὸ σύγγραμμα, τὸ ὁποῖον, βοηθούμενος καὶ ὑπὸ τοῦ ἀνωτέρω ἱεροδιδασκάλου Ἀγαπίου, μετὰ πολλῶν κόπων ἔφερεν εἰς πέρας, τὸ ὠνόμασε «Πηδάλιον», ὡς κυβερνῶν καὶ κατευθῦνον τὴν Ἐκκλησίαν τοῦ Χριστοῦ, εἶναι δὲ πεπλουτισμένον, πλὴν τῆς ἑρμηνείας ἑκάστου κανόνος, διὰ πλήθους σχολίων καὶ σημειώσεων, πρὸς ἀκριβῆ γνῶσιν τοῦ κανονικοῦ δικαίου καὶ τοῦ πνεύματος τῶν ἱερῶν Κανόνων.
Ἀμέσως μετὰ τὸ πέρας τοῦ ἔργου τούτου τὸ ἀπέστειλεν ὁ θεῖος πατὴρ διὰ τοῦ Ἀγαπίου εἰς τὴν Κωνσταντινούπολιν, διὰ νὰ ἐγκριθῇ ὑπὸ τῆς Μεγάλης τοῦ Χριστοῦ Ἐκκλησίας. Μετὰ ἓν ἔτος ὁ Πατριάρχης Νεόφυτος, λαβὼν «τὴν καλὴν περὶ τῆς βίβλου μαρτυρίαν» καὶ παρὰ τῶν ἐν Χίῳ εὑρισκομένων Ἁγίου Μακαρίου Κορίνθου καὶ Ἀθανασίου τοῦ Παρίου, πρὸς οὓς εἶχε στείλει τὸ βιβλίον, ζητῶν καὶ ἐκείνων τὴν ἔγκρισιν, ἔδωσε τὴν Συνοδικὴν ἔγκρισιν καὶ διὰ τοῦ Ἁγίου Μακαρίου τὸ ἐπέστρεψεν εἰς τὸν θεῖον Νικόδημον.