Κατὰ τὴν ἀναχώρησίν του ἐκ Νάξου συνέβη τὸ ἑξῆς περιστατικόν, δεικνῦον τὸν διάπυρον ζῆλον τοῦ Νικολάου πρὸς τὴν μοναχικὴν ζωήν. Κατελθὼν εἰς τὸν αἰγιαλὸν εὗρεν ἱστιοφόρον ἑτοιμαζόμενον πρὸς ἀναχώρησιν δι’ Ἅγιον Ὄρος, καὶ μεγάλως ἐδόξασε τὸν Θεὸν ἐπὶ τῇ ἐκπληρώσει τοῦ πόθου του. Παρεκάλεσε τότε τὸν πλοίαρχον νὰ παραλάβῃ καὶ αὐτόν, ὅστις τῷ ὑπεσχέθη ὅτι τὴν στιγμὴν τῆς ἀναχωρήσεως θὰ τὸν εἰδοποιήσῃ. Ἀλλὰ τὶς οἶδε διατί, ἀνεχώρησε χωρὶς νὰ εἰδοποιηθῇ ὁ Ὅσιος, ὅστις ἰδὼν παρ’ ἐλπίδα τὸ πλοῖον ἀναχωροῦν, ἤρχισε νὰ φωνάζῃ καὶ νὰ θρηνῇ διατί τὸν ἐγκατέλειψαν, καὶ συγχρόνως ἔρριψεν ἑαυτὸν εἰς τὴν θάλασσαν, σκοπὸν ἔχων νὰ φθάσῃ κολυμβῶν τὸ ἀναχωροῦν πλοῖον. Ἰδόντες τοῦτο οἱ ναῦται ἐπέστρεψαν καὶ τὸν παρέλαβον καὶ ἀποπλεύσαντες ἐκεῖθεν ἔφθασαν αἰσίως εἰς Ἅγιον Ὄρος.
Ἀποβιβασθεὶς ἐν Ἁγίῳ Ὄρει ὁ Νικόλαος ἐχάρη χαρὰν μεγάλην σφόδρα, καὶ ἐλθὼν κατὰ τὰς ὁδηγίας τοῦ ρηθέντος γέροντος Σιλβέστρου εἰς τὴν Ἰερὰν καὶ εὐαγῆ Μονὴν τοῦ Ἁγίου Διονυσίου, τιμωμένην ἐπ’ ὀνόματι τοῦ Τιμίου Προδρόμου καὶ Βαπτιστοῦ Ἰωάννου, εὗρεν ἐκεῖ πλείστους ὁσίους ἄνδρας, κεκοσμημένους πάσῃ ἀρετῇ καὶ σεμνότητι καὶ ἀσκητικοῖς χαρίσμασι, μεταξὺ τῶν ὁποίων τοὺς Γέροντας Μακάριον μετὰ τοῦ πατρὸς αὐτοῦ, Ἀβράμιον καὶ ἄλλους ἐν εὐλαβείᾳ καὶ ὁσιότητι ἀσκουμένους τὸν πνευματικὸν ἀγῶνα, θαυμάσας δὲ τὴν ἀρετὴν αὐτῶν, ἐκοινοβίασεν ἐν τῇ Ἱερᾷ καὶ σεβασμίᾳ ταύτῃ Μονῇ. Ἐνταῦθα πνέων θείου ζήλου πρὸς τὴν κατὰ Χριστὸν ὁσίαν ζωήν, καὶ ἀποβαλὼν πλήρως πᾶν κοσμικὸν φρόνημα καὶ νόημα, ἐκάρη Μοναχός, λαβὼν τὸ μικρὸν σχῆμα, καὶ μετωνομάσθη ἀπὸ Νικολάου, ὅπου ὠνομάζετο πρότερον Νικόδημος.
Γνωρίσαντες οἱ ἀδελφοὶ τῆς Μονῆς τὰ ἐξαίρετα χαρίσματα καὶ τὴν βαθεῖαν παιδείαν καὶ γνῶσίν του, ἔτι δὲ ἐκτιμήσαντες τὴν θερμὴν αὐτοῦ εὐλάβειαν καὶ τὴν λοιπὴν σπουδὴν καὶ προθυμίαν πρὸς τοὺς κανόνας καὶ τὰς τάξεις τῆς ὁσίας καὶ σεμνῆς κοινοβιακῆς ζωῆς καὶ τὸ ὑποδειγματικὸν αὐτοῦ ἦθος, διώρισαν αὐτὸν ἀναγνώστην καὶ γραμματέα τῆς Μονῆς.
Ἐν τῇ Ἱερᾷ ταύτῃ Μονῇ ὁ Ὅσιος Νικόδημος ὑπῆρξε τύπος ἐν πᾶσιν ἀπαράμιλλος, τόσον ἐν τῇ ἀνατεθείσῃ αὐτῷ διακονίᾳ ὅσον καὶ ἐν ταῖς πνευματικαῖς πράξεσι, διὰ τῶν ὁποίων ἡμέραν ἐξ ἡμέρας προήγετο «τοῖς ἔμπροσθεν ἐπεκτεινόμενος», ὑποτάσσων τὴν σάρκα τῷ πνεύματι καὶ λαμπρύνων τὸν νοῦν διὰ τῆς μελέτης τοῦ κρείττονος, καὶ προετοιμάζων ἑαυτὸν διὰ τοὺς τελειοτάτους ἀγῶνας τῆς θεοποιοῦ ἡσυχίας καὶ τῆς ἄκρας κατὰ Χριστὸν φιλοσοφίας, ἐν οἷς ἀνεδείχθη δοκιμώτατος καὶ μέγας ἐν ἔργῳ καὶ λόγῳ ἐπὶ τοσοῦτον, ὥστε πάντες ἔχαιρον καὶ ἐθαύμαζον.