Ὁ Βησσαρίων τὸν ἐδέχθη, ἀποφασίσας νὰ τὸν βοηθήσῃ ὅσον δύναται, ἐγκλείσας δὲ αὐτὸν εἴς τι μικρὸν κελλίον τῆς καλύβης του, τὸν διέταξε νὰ ποιῇ μετανοίας μεγάλας χιλίας τὸ ἡμερονύκτιον, καὶ νὰ τρώγῃ μετὰ τὴν δύσιν τοῦ ἡλίου μόνον ἄρτον καὶ ὕδωρ, καὶ μετ’ οὐ πολὺ τὸν ἐνέδυσε τὸ Μοναχικὸν Σχῆμα, μετονομάσας αὐτὸν ἀπὸ Ἰωάννην εἰς Ἱλαρίωνα.

Πρωΐαν τινὰ λέγει ὁ Ἱλαρίων πρὸς τὸν Γέροντά του Ἱερομόναχον Βησσαρίωνα· «Ἅγιε Γέρον, σκεπτόμενος ἐγὼ ἀφ’ ἑνὸς μὲν τὴν ματαιότητα τοῦ κόσμου, ἀφ’ ἑτέρου δὲ τὸ μέγα πτῶμα τῆς ἀρνήσεως εἰς ὃ περιέπεσα, ἔκρινα, ὅτι καθὼς ἠρνήθην τὸν Ποιητὴν καὶ Πλάστην μου, οὕτω πάλιν νὰ τὸν ὁμολογήσω Θεὸν ἀληθινόν, ὅπως τὸν ἠρνήθην». Εἰς τὸν ἀγαθὸν τοῦτον λογισμὸν καὶ τὴν καλὴν κρίσιν καὶ ἀπόφασιν τοῦ Ἱλαρίωνος συγκατένευσεν ὁ Γέρων αὐτοῦ Βησσαρίων, καὶ εὑρόντες πλοῖον εἰσῆλθον εἰς αὐτὸ καὶ ἦλθον εἰς Κωνσταντινούπολιν. Περὶ δὲ τὰς πρωϊνὰς ὥρας τῆς αὐτῆς ἡμέρας ἐκοινώνησε παρὰ τοῦ Γέροντός του τῶν Ἀχράντων Μυστηρίων καὶ μετὰ ἀπῆλθεν εἰς τὸ βασιλικὸν παλάτιον, ἔνθα εἶχεν ἐξωμόσει, ἐχάρησαν δὲ χαρὰν μεγάλην οἱ ἐκεῖ ὄντες ὡς τὸν εἶδον.

Ἀμέσως δὲ ὁ Ἅγιος παρουσιάσθη εἰς τὸν Ἀγᾶν του καὶ λέγει εὐθαρσῶς· «Γνωρίζεις τὸν ἐρχομόν μου;». «Ὄχι» εἶπεν ἐκεῖνος. Ἐπαναλμβάνει ὁ Ἱλαρίων· «Εὐθὺς τότε ποὺ ἐδέχθην τὸν Μουσουλμανισμόν, μετὰ τρεῖς ἡμέρας μετενόησα πικρῶς καὶ ἀμέσως ἀφῆκα τὸ σκότος τῆς πλάνης καὶ ἐπανῆλθον εἰς τὸ φῶς τὸ θαυμαστὸν τῆς ἀληθείας· ὅθεν ἀναθεματίζω τὴν θρησκείαν σας ναὶ τὴν ὁμολογίαν σας». Ταῦτα ἀκούσας ἐκεῖνος καὶ τρόπον τινὰ ἐμβροντηθείς, λέγει εἰς τὸν Μάρτυρα· «Καὶ τὶς εἶσαι σύ, βρέ;». Ὁ δὲ Μάρτυς· «Χριστιανὸς ἤμην καὶ εἶμαι καὶ ἀναθεματίζω τὴν θρησκείαν καὶ τὸ σαλαβάτι σας». Καὶ ρίψας κατὰ γῆς τὸ σαρίκι, ἐφόρεσε τὸν μαῦρον σκοῦφον, τὸν ὁποῖον εἶχεν εἰς τὸν κόλπον του.

Ἰδὼν τότε ὁ Ὀθωμανὸς ἐκεῖνος ἄρχων τὸ ἀμετάθετον τῆς γνώμης του, προσέταξε καὶ τὸν ἐβασάνισαν μὲ διαφόρους βασάνους καὶ σκληρὰς τιμωρίας, αἵτινες εἶναι ἐξαρθρώσεις τῶν ἁρμονιῶν καὶ μελῶν ὅλου τοῦ σώματος καὶ ἄλλαι δειναὶ τιμωρίαι, τὰς ὁποίας ὑπομείνας ὁ Μάρτυς γενναίως τελευταῖον ἀπετμήθη τὴν κεφαλὴν αὐτοῦ τῇ κ’ (20ῇ) Σεπτεμβρίου τοῦ ἔτους 1804.