Ἐπειδὴ ὅμως εἰς τὸν τόπον ἐκεῖνον ἠγέρθησαν σκάνδαλα πολλά, οἱ δὲ Ἅγιοι ἐπόθουν τὴν ἡσυχίαν, ὑπακούοντες δὲ καὶ εἰς τὴν ἐντολὴν τοῦ Ἁγίου Νήφωνος, ὁ ὁποῖος τοὺς εἶχεν εἴπει· «Ὅταν σᾶς ἔλθῃ πειρασμὸς μὴ ἀντισταθῆτε εἰς αὐτόν, ἀλλὰ φύγετε ἀπὸ τὸν τόπον ἐκεῖνον καὶ ὑπάγετε εἰς ἄλλον διὰ νὰ διέλθετε εἰρηνικά», ἐγκατέλειψαν ὅσα μὲ τόσους κόπους καὶ ἔξοδα εἶχαν ἕως τότε κάμει καὶ ἀναχωρήσαντες ἐκεῖθεν, ἦλθον κατὰ τὸ ἔτος 1511 εἰς τὰ Μετέωρα τῆς Θεσσαλίας. Ἐκεῖ ἐρευνήσαντες τὸν τόπον ἔκριναν καταλληλότερον, ὅπως διαμείνωσι προσωρινῶς εἰς ἕνα ἐκ τῶν ἀποκρήμνων βράχων τῶν Μετεώρων, τὸν καλούμενον Στῦλον τοῦ Τιμίου Προδρόμου, ὅπου καὶ ὡς ἀετοὶ ὑπόπτεροι ἀνῆλθον μὲ τὴν εὐλογίαν τοῦ Καθηγουμένου τοῦ Μετεώρου. Εἰς τὸν βράχον αὐτὸν ἀγωνισθέντες ἐπὶ ἑπτὰ ὁλόκληρα χρόνια, ὑπὸ τοῦ Θεοῦ ὁδηγούμενοι, τῇ προτροπῇ δὲ καὶ τῆ εὐλογίᾳ τοῦ τότε Μητροπολίτου Λαρίσης, ὑπὸ τὸν ὁποῖον ὑπήγετο τότε ἡ περιοχὴ τῶν Σταγῶν (Καλαμπάκας) καὶ τῶν Μετεώρων, καθὼς καὶ τοῦ Καθηγουμένου τῆς σεβασμίας καὶ βασιλικῆς Μονῆς τοῦ Νετεώρου, εἰς τὴν ὁποίαν, ὡς ἀρχαιοτέραν, ἐθεωρεῖτο ὅτι ἀνῆκον τὰ Μετέωρα, ἐπεχείρησαν καὶ ἐπραγματοποίησαν κατὰ τὸ ἔτος 1518 τὴν νέαν ἀνάβασίν των εἰς τὴν ἀπρόσιτον κορυφὴν τὴν καλουμένην Πέτραν τοῦ Βαρλαάμ, ἔρημον τότε ὑπάρχουσαν καὶ ἐκεῖ ἔστησαν τὴν ἀσκητικὴν αὐτῶν παλαίστραν μόνοι κατ’ ἀρχάς, μόνῳ τῷ Θεῷ προσευχόμενοι.
Εἰς τὴν Πέτραν αὐτὴν εὑρόντες τὰ ἐρείπια τοῦ ἁγίου Βήματος τοῦ Ναοῦ τῶν Ἁγίων Μεγάλων Τριῶν Ἱεραρχῶν Βασιλείου, Γρηγορίου καὶ Ἰωάννου τοῦ Χρυσοστόμου, τὸν ὁποῖον εἶχε ἀνεγείρει παλαιός τις Μοναχὸς ὀνόματι Βαρλαάμ [2], ἐξ οὗ καὶ ὁ βράχος ἔφερε τὸ ὄνομα, ἀνῳκοδόμησαν τὸν Ναὸν τοῦτον μικρὸν μέν, ἀλλ’ ὡραιότατον. Ἐκεῖ, σὺν τῇ παρόδῳ τοῦ χρόνου, ἤρχισαν νὰ προσέρχωνται καὶ ἄλλοι Μοναχοί, ἑλκυόμενοι ὑπὸ τῆς ἀρετῆς τῶν Ὁσίων, ὡς ὁ μαγνήτης ἕλκεται ἀπὸ τὸν σίδηρον. Οὕτως ἐντὸς ὀλίγου κατεστάθη ἐκεῖ τελεία Μονή. Μετὰ ταῦτα, βλέποντες οἱ Ὅσιοι ὅτι ὁ Ναὸς τῶν Ἁγίων Τριῶν Ἱεραρχῶν δὲν ἐπήρκει πλέον, λόγῳ τοῦ πλήθους τῶν προσερχομένων ἀδελφῶν, ᾠκοδόμησαν νέον μεγαλοπρεπέστατον Ναὸν ἐπ’ ὀνόματι τῶν Ἁγίων Πάντων, ἀποπερατωθέντα κατὰ τὸ ἔτος 1544, ὅστις ἔκτοτε ἀποτελεῖ τὸ Καθολικὸν τῆς Μονῆς.