Οἱ λόγοι οὗτοι προεκάλεσαν τὴν ὀργὴν τοῦ τυράννου, ὅστις θυμωθεὶς ἐπρόσταξε καὶ ἔδειραν ἀσπλάγχνως μὲ βούνευρα τὸν Ἅγιον. Δερόμενος δὲ ὁ μακάριος ἠγάλλετο, διότι ἐδέρετο διὰ τὴν Πίστιν τοῦ Χριστοῦ τὴν Ἁγίαν. Ἔπειτα ἐφυλακίσθη εἴς τι Μετόχιον τοῦ Μοναστηρίου του ἐπὶ τρεῖς ὁλοκλήρους μῆνας καὶ ἐκεῖθεν ἐξωρίσθη εἰς φρούριον ὀνομαζόμενον Πενταδάκτυλον, εὑρισκόμενον εἰς τὴν χώραν τῆς Λάμπης [2]. Ἐκεῖ λοιπὸν ἔδεσαν τοὺς πόδας του μὲ ἁλύσεις σιδηρᾶς καὶ ἔρριψαν αὐτὸν εἰς τὴν φυλακὴν ὅπου παρέμεινεν ἐπὶ δεκαοκτὼ μῆνας. Ἔπειτα ἔφεραν αὐτὸν πάλιν εἰς Κωνσταντινούπολιν καὶ τὸν παρουσίασαν γυμνὸν πρὸ τοῦ τυράννου. Ἀφ’ οὗ δὲ ὁ Ἅγιος συνωμίλησεν ἀρκετὰ καὶ ἐφιλονίκησε μὲ τὸν τύραννον περὶ τῶν ἁγίων Εἰκόνων, παρεδόθη εἰς τὸν τότε ἀναξίως πατριαρχεύοντα Θεόδοτον τὸν Μελισσηνὸν (815-821) τὸν καὶ Κασσιτερᾶν ὀνομαζόμενον [3], ὁ ὁποῖος πολλὰς καὶ σκληρὰς διώξεις ἐνήργησε κατὰ τοῦ Ἁγίου τούτου Ἰωάννου καὶ εἰς μακρὸν διάστημα ἀφῆκεν αὐτὸν νὰ ἀποθάνῃ σχεδὸν ἐκ τῆς πείνης καὶ τῆς δίψης. Ἔπειτα ὡδήγησεν αὐτὸν πάλιν πρὸ τοῦ βασιλέως, ὅστις ἀπέστειλε τὸν Ἅγιον εἰς τὸ φρούριον τὸ ὀνομαζόμενον Κριόταυρον εὑρισκόμενον εἰς τὸ θέμα τῶν Βουκελλαρίων [4], ἐκεῖ δὲ τὸν ἐφυλάκισαν ἐπὶ δύο ὁλόκληρα ἔτη ἐντὸς στενῆς καὶ σκοτεινῆς φυλακῆς. Ἐκ τῆς μεγάλης δὲ ταύτης κακοπαθείας κατεξηράνθη τελείως ὁ ἀοίδιμος, πλὴν ὅμως ὑπέμεινε τὰ πάντα εὐχαριστῶν καὶ δοξάζων τὸν Κύριον.
Ἀφ’ οὗ δὲ ἐσφάγη ὁ Λέων Ε’ ὁ Ἀρμένιος, ἐβασίλευσεν ἀντ’ αὐτοῦ ὁ Μιχαὴλ Β’ ὁ Τραυλός (820-829) [5], ὁ πατὴρ τοῦ βασιλέως Θεοφίλου, εἰκονομάχος καὶ αὐτός. Οὗτος εἰς τὰς ἀρχὰς τῆς βασιλείας του ἀνεκάλεσε τοὺς εὑρισκομένους εἰς τὴν ἐξορίαν. Ὅθεν ἀπηλευθερώθη καὶ ὁ μακάριος Ἰωάννης ἐκ τῆς ἐξορίας καὶ ἦλθε μέχρι τῆς Χαλκηδόνος, δὲν ἐπετράπη ὅμως εἰς αὐτὸν νὰ εἰσέλθῃ εἰς Κωνσταντινούπολιν. Ὅταν δὲ ἐβασίλευσεν ὁ υἱός του Θεόφιλος (829-842) [6], ἠθέλησε νὰ διαμείνῃ ὁ Ἅγιος πλησίον εἰς ἄλλους Πατέρας εἰς Ἐκκλησίαν τινά. Διὰ τοῦτο συλληφθεὶς ὑπὸ τοῦ τότε Πατριάρχου Ἰωάννου τοῦ ἑβδόμου (836-842), τοῦ ἀσπασαμένου τὴν αἵρεσιν τοῦ Θεοφίλου, τὸν ὁποῖον καὶ Ἰαννῆν οἱ τότε ὠνόμαζον, καὶ πολλὰ κακὰ παρ’ αὐτοῦ ὑποστάς, ἐξωρίσθη τέλος εἰς τὴν νῆσον Ἀφουσίαν, ἥτις εἶναι ὑποκειμένη εἰς τὸν Προικονήσου, καὶ εὑρίσκεται πλησίον εἰς τὴν Ἅλανα. Διαμείνας δὲ ἐκεῖ ἐπὶ δύο καὶ ἥμισυ ἔτη, εἶδεν ὀπτασίαν καὶ προειπὼν εἰς τοὺς μετ’ αὐτοῦ, ὅτι μέλλει νὰ τελευτήσῃ μετὰ τρεῖς ἡμέρας, ἀπῆλθε πρὸς Κύριον κοσμηθεὶς διὰ τοῦ στεφάνου τῆς αἰωνίου δόξης.